Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск последовательностей Шайн-Дальгарно

Я производила поиск повледовательностей Шайна-Дальгарно в геноме бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR. С помощью хромосомной таблицы определила координаты участков, где эта последовательность может находиться ([-35:0] от начала гена) и использовала их для получения последовательностей этих участков с помощью seqret (seqret @coords.txt seqs.fasta). Полученный файл - seqs.fasta. Двести первых последовательностей (из 2707) использовались для поиска мотива с помощью программы MEME. Выходной html-файл MEME - MEME.html. Лого найденного мотива можно найти на рис. 1. Затем я искала данный мотив во всех последовательностях с помощью программы MAST, найдено 35 достоверных последовательностей содержащих этот мотив (мало, но более хорошего мотива найти не удалось). Выходной html-файл MAST - MAST.html. Файл, содержащий последовательности, в которых был найден этот мотив - target_seqs.fasta

Рис. 1. Лого мотива, найденного MEME.