Учебный сайт Кузнецовой Марии

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Ссылки

Об авторе

String

Белки, взаимодействующие с белком-переносчиком сульфата CysZ бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR, были изучены с помощью базы данных STRING. Мой белок есть в этой базе данных (ген CysZ). На рис. 1 можно видеть граф взаимодействий этого белка на первом уровне близости.

Рис. 1. Изображение "графа взаимодействий" белка sulfate transport protein CysZ и связанных с ним белков. Цвета рёбер означают способ, которым установили факт взаимодействия двух белков: соседство - зеленый, совместная встречаемость - синий.

По графу видно, что мой белок взаимодействует с пятью другими белками, кодируемыми генами: zipA, smc, ligA, hemY и IL2099, информацию о которых (вместе с моим белком) можно найти в таблице 1. Эта информация была собрана на основании записей в базах данных String, NCBI, Uniprot.

Таблица 1. Информация о белках, связанных с белком-переносчиком сульфата CysZ бактерии Idiomarina loihiensis штамм L2TR

ген	название на английском	название на русском	функция
cysZ	sulfate transport protein CysZ	Белок-переносчик сульфата CysZ	рH-зависимый переносчик сульфата, специализируется на импорте сульфата для синтеза цистеина
zipA	secreted cell division protein	белок клеточного деления	связывается с белком клеточного деления FtsZ и стабилизирует его
smc	chromosome segregation ATPase	АТФаза разделения хромосом	требуется для конденсации и разделения хромосом
ligA	NAD-dependent DNA ligase	НАД-зависимая ДНК лигаза	катализирует образование фосфодиэфирных связей дуплекса ДНК
hemY	putative protoheme IX synthesis protein	предполагаемый белок синтеза протогема IX	участвует в синтезе протогема IX
IL2099	hypothetical protein	гипотетический белок	-

Из таблицы 1 можно заключить, что zipA, smc и ligA связаны с процессом клеточного деления (конденсация хромосом, репликация и т. д.). Информацию о функции IL2099 найти не удалось.

На рис. 2 можно увидеть геномное окружение cysZ. Полное дерево можно посмотреть тут.

Рис. 2. Геномное окружение для белка sulfate transport protein CysZ с точностью до филума. Цветами отмечены гены: cysZ (красный), zipA (желтый), smc (зеленый), ligA (светло-зелёный).

У большинства подтаксонов Proteobacteria и Unclassified bacteria гены cysZ, zipA, ligA находятся рядом в геноме. У многих Proteobacteria к этим трём генам прибавляется ещё smc. Эти результаты согласуются с тем, что zipA, smc и ligA задействованны в одном клеточном процессе, и говорят нам о том, что их функции так же могут быть как-то связаны с функцией cysZ.

На рис. 3 представлен график совместной встречаемости наших белков. Чем темнее квадратик тем гомологичнее белок таксона белку, указанному выше. Совместная встречаемость всех шести белков наблюдается только для таксона Proteobacteria, к которому и относится бактерия Idiomarina loihiensis штамм L2TR.

Для других таксонов совместная встречаемость не наблюдается и в целом, наши белки плохо в них представлены (за исключением лигазы).

Можно сделать вывод, что у протеобактерий белки, кодируемые генами cysZ, zipA, ligA и smc вероятно вовлечены в один процесс.

Рис. 3. График совместной встречаемости для белка sulfate transport protein CysZ с точностью до филума.