Пробное выравнивание

На главную Назад

1. Двигая данный мне фрагмент относительно последовательности моего белка, я добился полного совпадения букв. Данный мне участок соответствует 52-77 аминокислотным остаткам последовательности моего белка. Выровненные последовательности в fasta формате можно просмотреть в файле Fullandpart.fasta.

Ссылка на файл с выравниванием alignement1.msf .

2. Используя программу GeneDoc я вручную выровнял данные мне две короткие последовательности.

Вес такого выравнивания оказался равным 11 (по формуле W = M - nG где M - число совпавших букв (у меня их 13), G - штраф за пропуски, равный 2, краевые пропуски не штрафуются и количество гэпов в пропуске не имеют значения, имеет значение количество пропусков), итого получается W=13-1*2=11.
Длина выравнивания (число колонок) равна 27.
Фрагменты имеют одинаковую длину равную 26 аминокислотным остаткам.
Процент идентичности выровненных последовательностей равен 48,15%.

Ссылка на файл с выравниванием alignement2.msf .

3. Поиск первой "близкородственной" замены аминокислотного остатка с N-конца.

Первую близкородственную замену мы наблюдаем на 7 позиции выравнивания.
Происходит замена валина (V) на лейцин (L).
Вес подобной замены исходя из значений матрицы Blosum62 равен 1.
Валин отличается от лейцина только на одну CH2 группу, имеют похожие структурные формулы, обе имеют гидрофобные боковые радикалы, относятся к классу алифатических аминокислот.