PSI-BLAST

На главную Назад

1.Я работал с четыремя аминокислотными последовательностями: P18196, P0A832, P0A780 и моей последовательностью (P05020). Для них спомощью программы PSI-BLAST был проведен интеративный поиск в Swiss-Prot. По результатам поиска была составлена следущая таблица:

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0.004	0.005	239	0.003	0.007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3e-10	5.0	449	8e-31	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0.003	0.008	388	5e-07	0.017
PYRC_ECOLI	P05020	5	147	0.002	0.013	871	0.004	0.005

E-value лучшей находки с каждой последней интеграцией увеличивается. Разрывы между значениями E-value худшей находки выше порога и E-value лучшей находки ниже порога с каждой последущей интерацией меняется по разному, так же меняется E-value для любой средней находки. Также может быть и то, что белок, бывший ниже порога, при последующих интерациях оказывается выше порога.
2. При изменении порога с 0.005 на 0.001 первая последовательность (MINC_ECOLI) сходится в третьей интерации, как я думаю, это связано с тем, что белки, не являющиеся родственными и проходящие по порогу 0.005, попадали в список и мешали его стабилизации, а при изменении порога на 0.001 они в список не попали.
При изменении порога на 0.001, на 0.0005, на 0.0001, на 0.00005 и на 0.00001 моя последовательность ни как не хотела сходиться, новых последовательностей становилось все больше, причем последовательностей из других таксономических груп.