Комплекс ДНК-белок

Краткое описание записи 1a02.pdb

Запись cодержит фрагмент ДНК, а также информацию о белковых последовательностях:

Фрагмент ДНК:

цепь A (4001)5'- TTGGAAAATTTGTTTCATAG   -  3'(4020) 
                   ||||||||||||||||||  
цепь B (5020)3'-   CCTTTTAAACAAAGTATCAA - 5'(5001),

Цепь N: ядерный фактор активации Т лимфоцитов

Цепь F: фрагмент FOS, транскрибционный фактор АР-1

Цепь J: фрагмент JUN, транскрибционный фактор АР-1

Цепь F является фрагментом белка Proto-oncogene c-Fos, который является ядерным фосфопротеином, участвующим в образовании нековалентно, связанного комплекса с
транскрибционным фактором JUN/AP-1.Его важнейшие функции - регуляция развития клеток и формирование скелета, как считается, ещё он играет важную роль в трансдукции сигнала, пролиферации и дифференцировке клеток.

Цепь J является фрагментом белка Transcription factor AP-1. Фактор транскрибции, распознающий и связывающийся с мотивом "усилителя" гептамера 5'-TGA[CG]TCA-3'.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре ДНК

ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнение количества контактов разной природы

Для рассмотрения были выбраны J и F цепи белка
Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы.
Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом
ДНК меньше 3.5Å. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
На основе всего вышеперечисленного, был составлен скрипт, позволяющий оценить данные ДНК-белковые контакты.
По результатам была составлена таблица:

контакты атомов с	полярные	неполярные	итого
остатками 2'-дезоксирибозы	3	7	10
остатками фосфорной кислоты	12	7	19
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	5	9
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Спомощью программы nucplot было получено изоображение контактов между ДНК и белком:

Многочислены контакты аргинина, как с остовом, так и с азотистыми основаниями нуклеотидов.
Однако, возможно остатки Arg 421, Gln 571 и Glu 427 играют важную роль в распознавании, т.к. образуют
водородные связи с нуклеотидами, тем самым увеличивая "специфичность".
Расположены они рядом друг с другом и возможно формируют сайт узнавания.