.

Краткое описание записи 1N77.pdb

В файле было приведено описание белкового комплекса глутамил-тРНК синтетазы и РНК из организма THERMUS THERMOPHILUS. Для удобства был выбран 1 комплекс, последовательность РНК которого представляет:
(501)5' - GGCCCCAUCGUCUAGCGGUUAGGACGCGGCCCUCUCAAGGCCGAAACGGGGGUUCGAUUCCCCCUGGGGUCACCA - 3'(576)

Исследование вторичной структуры

Спомощью программы find_pair пакета 3DNA был получен выходной файл, в котором описаны водородных связей между азотистыми основаниями РНК.
Акцепторный стебель: 501-507 и 572-566
D-стебель: 510-513 и 525-522
Антикодоновый стебель: 538-544 и 532-526
Т-стебель: 549-553 и 565-561
Спомощью Rasmol получили изображение вторичной структуры (скрипт)
Здесь акцепторный стебель выделен красным, T- стебель - зеленым, D- стебель - синим, а антикодоновый - оранжевым.

Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 16 канонических и 6 неканонических пар оснований.

Пример неканонической пары (G502-U571)

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1N77.pdb

Участок структуры	позиция в структуре (по результатам find_pair)	результаты предсказанные спомощью einverted	результаты предсказанные по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 501-507 3' 5' 566-572 3' 5 пар	7 пар	7 пар
D-стебель	5' 510-513 3' 5' 522-525 3' 4 пары	0 пар	5 пар (из 4 возможных)
T-стебель	5' 549-553 3' 5' 561-565 3' 5 пар	0 пар	4 пары
антикодоновый стебель	5' 538-544 3' 5' 526-532 3' 7 пар	5 пар	5 пар
общее число канонических пар нуклеотидов	19	10	18

Полученное спомощью mfold изображение вторичной структуры тРНК
(web- вариант, т.к. с сервера запустить не получилось)