EMBL

На главную Назад

1.EMBL
Последнее индексирование (110) произошло 14 дек. 2011 (по состоянию на 16 дек 2011).
Количество записей релиза сотавило 74582226.
a) Описание раздела "Data classes":

CON: Constructed sequence	-не проиндексирован
EST: Expressed Sequence Tag	-не проиндексирован
GRV: Genome Reviews	-не проиндексирован
GSS: Genome Survey Sequence	-32873764 записи
HTC: High Throughput cDNA sequencing	-535335 записей
HTG: High Throughput Genome sequencing	-146380 записей
MGA: Mass Genome Annotation	-не проиндексирован
PAT: Patent	-23118147 записей
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)	-не проиндексирован
STD: Standard	-12239138 записей
STS: Sequence Tagged Site	-1322455 записей
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly	-4347007 записей
WGS: Whole Genome Shotgun	-не проиндексирован

b) Описание раздела "Divisions":

ENV: Environmental Samples	Природные представители	6825856 записей
FUN: Fungi	Грибы	2242759 записей
HUM: Human	Человек	11097253 записи
INV: Invertebrates	Беспозвоночные	6221687 записей
MAM: Other Mammals	Другие млекопитающие	6074350 записей
MUS: Mus musculus	Мышь	4783826 записей
PHG: Bacteriophage	Бактериофаги	8228 записей
PLN: Plants	Растения	18013459 записей
PRO: Prokaryotes	Прокариоты	1494083 записи
ROD: Rodents	Грызуны	1299990 записей
SYN: Synthetic	Синтетические	3798387 записей
TGN: Transgenic	Трансгенные	285281 записи
UNC: Unclassified	Неклассифицированные	7673923 записи
VRL: Viruses	Вирусы	1227535 записей
VRT: Other Vertebrates	Другие позвоночные	3535609 записей

2.Описание гена HLA-C:
Направление гена относительно направления записи - прямое. Содержит 8 кодирующих участков (экзонов), длинна первого участка - 73 п.о., послетнего (т.е. восьмого) - 5 п.о.
Длинна первого интрона - 130 п.о., последнего - 164. Ниже приведён фрагмент записи моего гена.

FT   misc_feature    670925..674759
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /note="match HLA-C (D83957) with account of intervene
FT                   sequences."
FT   CDS             join(671525..671597,671728..671997,672248..672523,
FT                   673111..673386,673511..673630,674071..674103,
FT                   674211..674258,674423..674427)
FT                   /codon_start=1
FT                   /transl_table=1
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /note="Classical HLA Class I gene"
FT                   /db_xref="GOA:O19617"
FT                   /db_xref="HSSP:1M05"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR013783"
FT                   /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:O19617"
FT                   /protein_id="BAB63310.1"
FT                   /translation="MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSHSMRYFDTAVSRPGRGEPR
FT                   FISVGYVDDTQFVRFDSDAASPRGEPRAPWVEQEGPEYWDRETQNYKRQAQADRVSLRN
FT                   LRGYYNQSEDGSHTLQRMYGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTA
FT                   AQITQRKLEAARAAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHE
FT                   ATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRY
FT                   TCHMQHEGLQEPLTLSWEPSSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGG
FT                   KGGSCSQAACSNSAQGSDESLITCKA"
FT   exon            671525..671597
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=1
FT   exon            671728..671997
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=2
FT   exon            672248..672523
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=3
FT   exon            673111..673386
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=4
FT   exon            673511..673630
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=5
FT   exon            674071..674103
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=6
FT   exon            674211..674258
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=7
FT   exon            674423..674459
FT                   /gene="HLA-C"
FT                   /number=8

3.Нахождение белка по фрагменту:
Спомощью команды -seqret embl:BA00025 -sask вырезали самый длинный кодирующий участок гена HLA-C,
начинающегося с 673111 и заканчивающегося на 673386 позиции. (ba000025.fasta). Полученную последовательность ввели в окошко
поля "Enter Query Sequence" программы blastx (поиск белковых последовательностей, используя транслируемые нуклеотидные последовательности).
Поиск проводили в базе данных SwissProt, для чего в окошке "Database" поля "Choose Search Set" выбрали соответствующую б.д.
Врезультате был найден белок 1C07_HUMAN, (AC - P10321),соответствующий выбранному экзону, соответствующий участок 208 - 298 а.о.
4.Ссылки из записи банка Swiss-Prot на записи EMBL:

Ссыдки на EMBL в записи SwissProt для белка PYRC_ECOLI

DR   EMBL; X04469; CAA28157.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; M16752; AAA24482.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; U00096; AAC74146.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; AP009048; BAA35870.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; D31709; BAA06514.1; -; Genomic_DNA.

Врезультате поиска были получены 5 записией:

EMBL	ID	Molecule	Class	SeqLength	DateCreated	Description
EMBL:U00096	U00096	genomic DNA	STD	4639675	23-FEB-2006	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome.
EMBL:AP009048	AP009048	genomic DNA	STD	4646332	22-JAN-2006	Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome.
EMBL:D31709	D31709	genomic DNA	STD	3842	28-MAR-1996	Escherichia coli dinI and solA genes for DinI and SolA, complete cds.
EMBL:M16752	M16752	genomic DNA	STD	1629	02-APR-1988	E.coli K-12 pyrC gene encoding dihydroorotase, complete cds.
EMBL:X04469	X04469	genomic DNA	STD	2046	07-JUN-1987	E. coli pyrC gene for dihydroorotase

Записи относятся к орагнизму Escherichia coli, дата создания первой записи соответствует расшифровке гена PyrC, кодирующим фермент dihydroorotase, т.е. мой белок.
23 февраль 2006 - полный геном штамма К-12.