Геномные браузеры

EnsEMBL

Перейдя по ссылке BLAST/BLAT, введя последовательность самого длинного экзона гена HLA-C (ba000025), начал поиск в геноме человека. В итоге найден был 19 вариантов выравнивания с геномом, все на 6 хромосоме:

Ниже располагается схема с выровненными фрагментами относительно последовательности:

Ещё ниже можно найти информацию о выравниваниях, её можно отсортировать по многим параметрам, что достаточно удобно, можно настроить вариант отображения информации. По соответствующим ссылкам, можно перейти к выбранному выравниванию - ссылка А (Alignement), посмотреть последовательность участка генома, с которым проводилось выравнивание - G (Genome sequence), рассмотреть расположение участка в геноме - ссылка С (Conting View).
Ниже приведено из лучшее выравнивание:

Query location     : BA000025        1 to      276 (-)
Database location  : 6        31237987 to 31238262 (+)
Genomic location   : 6        31237987 to 31238262 (+)

Alignment score    : 1403
E-value            : 1.2e-240
Alignment length   : 276
Percentage identity: 100.00 
Query:      276 cccagctcagggtgaggggctcttgcagcccctcgtgctgcatatggcacgtgtatctct 217
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31237987 cccagctcagggtgaggggctcttgcagcccctcgtgctgcatatggcacgtgtatctct 31238046

Query:      216 gctcttgtccagaaggcaccaccacagctgcccacttctggaaggttccatctcctgctg 157
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31238047 gctcttgtccagaaggcaccaccacagctgcccacttctggaaggttccatctcctgctg 31238106

Query:      156 gcctggtctccacaagctcggtgtcctgggtctggtcctccccatcccgctgccaggtca 97
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31238107 gcctggtctccacaagctcggtgtcctgggtctggtcctccccatcccgctgccaggtca 31238166

Query:       96 gtgtgatctccgcagggtagaagcccagggcccagcacctcagggtggcctcatggtcag 37
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31238167 gtgtgatctccgcagggtagaagcccagggcccagcacctcagggtggcctcatggtcag 31238226

Query:       36 agagggggtggtgggtcacgtgtgtctttgggggtt 1
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31238227 agagggggtggtgggtcacgtgtgtctttgggggtt 31238262

Пройдя по ссылке Conting View, в поле Region in detail можно заметить, что данный участок принадлежит гену HLA-C, т.е. моему гену:

В поле Legend, можно найти пояснения: -красным отмечены кодирующие белки участки, желтым - участки описанные группой ученых HAVANA, серым - псевдогены и т.д. Очень удобно то, что при щелчке мыши на объекте выводится информация о нем. Так например, если счелкнуть по гену HLA-C и проследовать по гиперссылке, то можно увидеть информацию о транскриптах: название, длину, Protein ID, тип транскрипта (интрон, кодирующий участок ...). В самом нижнем окне приводится увеличенный участок, с выравненными экзонами, а также красным прямоугольником в самом верху схемы обозначена мой экзон. Очень полезная опция - zoom in и zoom out, появляющиеся, если счелкнуть по какому-нибудь свободному месту схемы.