Биологический смысл выравнивания

Изображение данного мне белка в остовной модели:

Выравнивание, построенное спомощью GeneDoc, на основе RasMol:

Выравнивание последовательностей спомощью needle:

Заметны различия между auto и bio выравниваниями в самих сопоставленных остатках и в их количестве. В автоматическом выравнивании важно сопоставить наибольшее число остатков (таже и функционально схожих по таблице) при минимальном числе гэпов, что не всегда совпадает с биологическим, в котором остатки могут находится на большом расстоянии друг от друга (т.е. не сопоставляются). Полученные мною выравнивания вцелом не похожи друг на друга, за исключением участка 18-21 (биологического выравнивания).