Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam
Для анализа было выбрано следующее семейство доменов:
- AC домена: PF00270
- ID: DEAD
- Summary name: DEAD/DEAH box helicase
Домен был выбран, потому что у него интересное ID и геликазы с доменной структурой DEAD участвуют в различных аспектах метаболизма РНК
Таблица анализа выравнивания
| Информация | Информация | Комментарии (if any) |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | 181 последовательностей, 554 колонок | |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-All.jvp) | Колонки 311-319 и 58-62 | Первый блок лок является достоверным, так как в нем отсутствуют гэпы и первый позиция полностью функонально консервативна, а посaледняя отличается только в 2 местах. (P.s. не у верена что можно расширить до 321, так как там довольно много различий) 2 блок тоже является достоверным, первая колонка полность консервативна, а последняя отличается в 20 местах |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 311:[LIMVFA]; 315:P(177/181); 319:[LM](179/181) | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll.jvp) | Колонки 58-62 (последовательности 1-163) | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 58:[G]; 59:[K]; 60:[TS]; 62:[AVICL] | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков (noinfo.jvp) | Колонки 389-399 | При сортировке по группам для выделенного участка результаты получаются неинформативные (например, в одной группе может оказаться много последовательностей схожих только в нескольких аминокислотах). |