1. Описание семейства доменов PF00270
Таблица 1
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Идентификатор семейства (AC) | PF00270 |
| Название семейства (Name) | DEAD |
| Описание (Summary) | DEAD/DEAH box helicase |
| Количество последовательностей в seed-выравнивании | 181 |
| Количество последовательностей в full-выравнивании | 708556 |
| Количество доменных архитектур | 7052 |
| Краткое описание функции | Моторный домен, использующий энергию гидролиза АТФ для расплетания вторичной структуры РНК или диссоциации РНК-белковых комплексов. Критически важен для всех процессов метаболизма РНК. |
| Таксономическая распространённость | Универсальная (встречается во всех доменах жизни: Archaea, Bacteria, Eukaryota) |
Таблица 1
Доменная архитектура:
Число доменных архитектур: 7052. Это огромное число говорит о ключевой роли домена DEAD как "моторного модуля". К этому базовому домену добавляются самые разные регуляторные и специализированные домены, что позволяет создавать "молекулярные машины" под конкретные нужды клетки.
Функция и 3D структура домена:
Домен DEAD является частью суперсемейства хеликаз "DExD/H-box". Эти белки работают как молекулярные моторы, которые используют энергию гидролиза АТФ для расплетания вторичной структуры РНК или диссоциации белково-РНК комплексов.
Название "DEAD" — это аббревиатура от однобуквенного обозначения четырех ключевых аминокислот: Asp-Glu-Ala-Asp (D-E-A-D). Эти аминокислоты критически важны для связывания и гидролиза АТФ.
DEAD-бокс хеликазы необходимы на практически всех этапах жизни РНК: сплайсинге, редактировании, транспорте из ядра, инициации трансляции и распаде.
Таксономическая распространённость:
Домен DEAD имеет широкую таксономическую распространённость. Он встречается абсолютно во всех доменах жизни: Archaea, Bacteria и Eukaryota. Это говорит о его древнем происхождении и фундаментальной важности.
2. Карта локального сходства (dotplot)
Таблица 12-2
| Параметр | Последовательность 1 | Последовательность 2 |
|---|---|---|
| Идентификатор белка (UniProt ID) | P24230 | P15424 |
| Название белка | ATP-dependent DNA helicase RecG | ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial |
| Доменная архитектура (из Pfam) | PF17191 -> PF00270 -> PF00271 -> PF19833 | PF00270 -> PF00271 |
Очень хорошо видны строго консервативные участки(например со 530 по 560ую позиции), и в целом, в большинстве участков есть совпадающие позиции.
Отличаются позиции с 570 по 590. Вероятно этот участок не так консервативен, и здесь мы можем наблюдать индели