Данная работа является обзором кристаллической структура предполагаемого белка DsbE, участвующего в обмене тиол-дисульфидных групп, из Chlorobium tepidum (pdb_id::3GL3)
рис.1.общее строение
рис.1.биологическая единица
Цепь А-синяя, цепь B-зелёная, цепь C-жёлтая, цепь D-красная
Этот белок является оксидоредуктазой. В структуре данного белка можно выделить 4 полимерных цепи (A,B,C,D), иднтичных друг другу. В биологическую единицу входит 4 цепи, биологическая единица состоит из одной копии каждой из цепей.
рис.3. Вторичная структура белка.
Альфа-спирали выделены синим, бета-слои - розовым цветом.
так как все цепи идентичны друг лругу, описание будет общее для всех.
Как упоминалось выше, в состав данного белка входит 4 цепи. Данная макромолекула относится к организму Chlorobaculum tepidum TLS . Она называется Thiol:disulfide interchange protein DsbE (UniProt id: Q8KDH8).Белок DsbE является периплазматической тиол-дисульфидной изомеразой. Это означает, что он принадлежит к семейству ферментов, которые катализируют образование, разрыв и перестановку дисульфидных связей между остатками цистеина в белках. Мутации относительно референской последовательности из Uniprot в структуре отсутствуют, однако в начале цепи присутсвует артефакт в ввиде трёх лишних аминокислотных остатков, а именно: метионин, серин, лейцин,. Вероятнее всего наличие данных аминокислотных остатков вызванно методом, с помощью которого была выделена данная цепь.
MSE - селенометионин
Селенометионин - это метионин, в котором атом серы заменен атомом селена. Селенометионин используется при выращивании белков для рентгеноструктурного анализа.Эти молекулы скорее всего не несут биологической роли.
рис.4.селенометионин
Рис.1. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
Рис.2.Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот.
Рис.3. Солевой мостик
К сожаления, в моём белке не нашлость таких взаиможействий
Рис.4.Ароматические кольца
В структуре моего белка не было найденно дисульфидных мостиков. Минимально расстояние между двумя атомами серы составило 29,3 Å, а граница образования связи это 3,0 Å.
Рис.5.Растояние между двумя атомами серы