Структура в целом
Для исследования был выбран белок Thalassospira marina. Поиск проводился с использованием расширенного поиска по базе данных UniProtK с запросом «Thalassospira marina». Дополнительные фильтры и условия поиска не применялись.
Первоначально было найдено 5037 результатов. Для дальнейшей работы были отобраны белки с высокой оценкой аннотации (не ниже 4/5). В результате этой фильтрации осталось 21 белок.
Все отфильтрованные белки имели те или иные предупреждения или примечания, указывающие на их возможную неточность или неполноту данных. В связи с этим для анализа был выбран белок из первых позиций в списке, участвующий в биосинтезе аминокислот.
Информация о белкев
Аспартат-полуальдегидегидрогеназа (ASADH) — это фермент, участвующий в метаболизме аминокислот, а именно в превращении аспартат-полуальдегида в оксалоацетат. Этот процесс является ключевым этапом в синтезе аспарагиновой кислоты и других метаболитов.
ASADH обладает высокой специфичностью и катализирует окисление аспартат-полуальдегида до оксалоацетата, используя НАД⁺ или НАДФ⁺ в качестве кофактора. Фермент является NAD(P)⁺-зависимой дегидрогеназой и требует наличия кофермента для своей активности.
Кроме того, ASADH проявляет высокую субстратную специфичность, эффективно взаимодействуя с аспартат-полуальдегидом и не подвергая гидролизу другие субстраты. Это обеспечивает высокую селективность фермента в метаболических путях.
Реакция: L-aspartate 4-semialdehyde + phosphate + NADP+ = 4-phospho-L-aspartate + NADPH + H+
Кластеры похожих белков
Для данного фермента известно, что размер кластеров UniRef100 и UniRef90 составляет всего 1 и 7 белков соответственно, в то время как кластер UniRef50 включает 34 белка. Это указывает на то, что белок является довольно редким и в некотором смысле уникальным, так как количество белков с последовательностью, совпадающей на 50% (UniRef50), превышает число белков, совпадающих на 90 и 100% (UniRef90 и UniRef100 соответственно).
Поисковые запросы
1)Распространение белка в роду бактерий Thalassospira.
Запрос был составлен с помощью продвинутого поиска и заполнения полей Protein Name [DE] (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase) и Taxonomy [OC] (Thalassospira). Было найдено 57 белков у разных бактерий этого рода. Белок Aspartate-semialdehyde dehydrogenase (ASDH) редко встречается в роде бактерий Thalassospira. Из общего числа белков (115 612), найденных с помощью продвинутого поиска в таксономической категории Thalassospira, только 57 соответствовали заданным критериям поиска
2)Распространённость связки белка и конкретного гена(тк этот белок может кодировать несколько генов)
Запрос был составлен с помощью продвинутого поиска и заполнения полей Protein Name [DE] (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase) и Gene Name [GN] (asd). Было найдено 38,342 белков c таким геном и. Так как у белка есть 52,560 вариаций связки белок-ген-организм, можно сделать вывод что asd кодирует чуть больше половины.
3)уникальность функции.
Запрос был составлен с помощью продвинутого поиска и заполнения полей Protein Name [DE] (Aspartate-semialdehyde dehydrogenase) иcc_catalytic_activity (L-aspartate 4-semialdehyde + phosphate + NADP+ = 4-phospho-L-aspartate + NADPH + H+). Он дал 39,208 результата. Запрос cc_catalytic_activity (L-aspartate 4-semialdehyde + phosphate + NADP+ = 4-phospho-L-aspartate + NADPH + H+) дал 39229 рузультата. Из этих запросов можно сделать вывод, что такая кактилическая активность почти уникальна для выбраного белка.