Практикум 3: Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Построенные программой fiber структуры ДНК:

fiber -a -seq=gatcgatcgatcgatcgatc gatc-a.pdb
fiber -b -seq=gatcgatcgatcgatcgatc gatc-b.pdb
fiber -z -seq=gatcgatcgatcgatcgatc gatc-z.pdb

итог: gatc-a.pdb; gatc-b.pdb; gatc-z.pdb

Упражнение 2. Фрагмент двухцепочечной ДНК

Для задания была выбрана B-форма ДНК (pdb:1BNA)

Моя фотография
Рис.1| экспериментальная структура ДНК - фиолетовая и предсказанная структура ДНК - зеленая

Заданным основанием был цитозин, был выбран А/9 в структуре 1BNA. Красным отмечены атомы обращенные в сторону большой бороздки, синим - обращенные в сторону малой.

Моя фотография

Обращение атомов:

К большой бороздке: C9.C2, C9.O2, C9.N1, C9.N3

К малой бороздке: C9.C6, C9.C5, C9.C4, C9.N4

Характеристики A-, B-, Z-форм ДНК.

А-форма B-форма Z-форма
тип спирали правая правая левая
шаг спирали (Å) 25,9 33,76 43,2
число оснований на виток 11 10 12
ширина большой бороздки (Å) x16.8
(A/DC'8/P - B/DT'35/P)		 17,21
(A/DG`13 -B/DG`25/P)		 -
ширина малой бороздки (Å) 7,99
(A/DG`9/P -B/DA`26/P)
 11.7
(A/DT'11/P - B/DA'34/P)		 7.2
(A/DG'7/P - B/DG'37/P)

Задание 3

Была задана структура 1f7v.

3.1 Торсионные углы

find_pair -t 1f7v.pdb stdout | analyze

C помощью этого конвеера были полученны данные, которого показывали значения торсионных углов для исследуемой тРНК. Методом прищуреного внимательного просмотра был сделан вывод что цепь похожа на А-форму.

3.2 Структура водородных связей

Из тех же данных(см п.3.1) получены данные о водородных связях в тРНК.

Номер стебля Начало Последовательность Конец
I 901 PUCCUCG 907
966 AAGGGGC 972
II 949 cCAGG 953
965 GGUCC 961
III 939 CCAGAA 944
931 GGUCPg 926
IV 910 gCCC 913
925 CGGC 922

Неканонические пары:

  1. P901-**--A972
  2. 905U-*---G968
  3. 954t-**--a958
  4. 955P-**+-G917
  5. 943A-**--P927
  6. 944A-*---g926
  7. 913C-**--C922

Дополнительные водородные связи: 953G-C961, 952t-a958, 955P-G917, 914A-U908, 915A-U948, 918G-C956.