Поиск гомологов белка

Вводные параметры Blast: выборка только из Swiss-Prot, Word Size уменьшен до 3, количество выдаваемых последовательностей уменьшено до 50, чтобы попусту не нагружать сервер, так как нам нужно только 6-7.

Текстовая выдача Blast

Анализ результата: при сортировке по качеству выравнивания видим, что 5 из отобранных белков имеют большую степень сходства и во многих местах образуют частичные плюс-блоки. Однако потеря в сходстве у 6-7 белков недостаточна для того чтобы сделать вывод о их негомологичности.

Разобрался как сохранять проекты, но вдруг сервера JalView начали виснуть, пришлось выравнивать на кодомо.

Выравниваение белка

Поиск гомологов зрелого сегмента полипротеина

Использованный полипротеин: полипротеин P0C6F5 из организма Bat coronavirus, штамм 279/2005

Использованный фрагмент: Non-structural protein 1(180-818)

Текстовая выдача Blast

Анализ результата: отобраны все последовательности из выдачи, чье E-value было равно машинному нулю, а процент сходства превышал 25%.

Выравнивание полипротеина

Влияние размера пула поиска на E-Value

При исключении из пула поиска всех организмов кроме вирусов самое малое счетное значение E-Value изменилось с 7e-23 на 3e-24. Оценка показывает, что в Swiss-Prot последовательности, выделенные из вирусов составляют примерно 4,3% (3e-24/7e-23)

Текстовая выдача Blast