В ходе мини исследования мы выяснили , что длины водородных связей в Бетта-листах в среднем составляют 0.289 nm, в Альфа-спиралях 0.296 nm
Углы в водородных связях в идеале стремятся к 180 градусам , однако среднее значение составляет 156 градусов, но, в отличии от длин водородных связей существует существенный разброс - от 173 до 153, крайне редкий случай - 112 (мое предположение состоит в том, что выдающийся из статистики угол вызван тем , что атом trp117:a.o образует 2 водородные связи)
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
|||
Имена атомов |
Длина связи N-O (nm) |
Угол связи N-H-O (Градусы) |
|
Бетта листы |
|||
1 | [leu]78:a.n - [val]141:a.o | 0.289 | 152.8 |
2 | [val]141:a.n -[ile]76:a.o | 0.289 | 163.2 |
3 | [ile]76:a.n -[arg]139:a.o | 0.287 | 161.0 |
4 | [thr]143:a.n - [leu]78:a.o | 0.284 | 153.5 |
5 | [phe]80:a.n -[thr]143:a.o | 0.294 | 161.4 |
Альфа спирали |
|||
1 | [gln]126:a.n -[asp]122:a.o | 0.317 | 161.9 |
2 | [trp]117:a.o -[ala]121:a.n | 0.286 | 112.3 |
3 | [val]120:a.n -[trp]117:a.o | 0.300 | 153.6 |
4 | [arg]125:a.n -[ala]121:a.o | 0.277 | 166.7 |
5 | [val]120:a.o -[leu]124:a.n | 0.301 | 173.6 |