Глобальное парное выравнивание гомологичных белков (neeedle)

ID1	ID2	Score	Identity(%)	Similarity(%)	Gaps	Indels
GSPA_ECOLI	GSPA_BACSU	58.5	13.4	23.7	53.2	20
RECX_ECOLI	RECX_BACSU	77.0	14.6	29.2	50.7	10
MEND_ECOLI	MEND_BACSU	631.5	29.7	46.3	12.9	15

Локальное парное выравнивание гомологичных белков (water)

ID1	ID2	Score	Identity(%)	Similarity(%)	Gaps	Coverage 1(%)	Coverage 2(%)	Indels
GSPA_ECOLI	GSPA_BACSU	20.4	34.8	23.7	31.3	56.4	88.1	19
RECX_ECOLI	RECX_BACSU	95.5	14.1	37.7	41.9	87.3	73.9	9
MEND_ECOLI	MEND_BACSU	637.5	31.1	47.6	12.2	95.1	94.3	18

Выравнивание двух негомологичных белков (GSPA_ECOLI и RECX_BACSU)

Можно наблюдать, что при выравнивании негомологичных белков результаты (схожесть) значительно ниже, что очевидно. Однако локальное выравнивание показывает в среднем более высокие результаты в силу своего механизма работы, однако демонстрирует крайне низкие показатели покрытия.

Type	Score	Identity(%)	Similarity(%)	Gaps	Indels	Coverage 1(%)	Coverage 2(%)
Global	16.5	10.3	19.8	59.3	16	-	-
Local	45.5	22.6	39.5	32.3	6	23.1	36

Выравнивание гомологов в JalView

Для выравнивания был выбран белок с мнемоникой MEND_ECOLI, для которого в Swiss-Prot нашлось 264 гомолога. Програмное выравнивание показало, что белки не имеют ярко выраженной структуры и заметных участков консервативности, что наводит на мсль. что, по крайней мере некоторые из них являются аналогами, а не гомологами. Были выбраны белки с мнемоникой MYCTA, VIBCH, ALIF1, HALMA, CHLTE. Выравнивание производилось программой Muscle.

Проект JalView