Подготовка чтений к сборке
Удаляем остатки адаптеров иллюмины программой trimmomatic с параметрами:
SE -threads 8 -trimlog trimlog.txt -phred33 SRR4240358.fastq.gz SRR4240358_trimmed.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7Удаляем некачественные нуклеотиды на концах ридов:
-threads 8 -trimlog trimlog2.txt -phred33 SRR4240358_trimmed.fastq.gz SRR4240358_trimmed_2.fastq.gz TRAILING:20 MINLEN:32При помощи анализа программой fastqc получаем размеры и состав файлов с последовательностями:
Исходник: 10543839 ридов - 470 Мб
После удаления остатков адаптеров: 10368884 ридов - 463 Мб
После удаления триммирования некачественных нуклеотидов и удаления слишком коротких ридов: 8016437 ридов - 341 Мб
Как можно посчитать, остатки адаптеров составляли 1,66% от исходного, последовательности неудовлетворительного качества - 25,33%. Это очень много. Качество исходного материала можно оценить как "очень плохо, но использовать можно". Это же подтверждает и общий график качества от fastqc:
