Анализ филогенетического древа
При помощи программы MEGA из файла nj-global-tree.tre было построено графическое филогенетическое древо, которое указывает, что штаммы С5 и КА1 являются более генетически близкими.
Программа строит его согласно анализу стабильного ядра из S-блоков, однако общую картину распределения она не выдает. При помощи анализа файла с блоками в Excel было уточнено распределение блоков по геномам и их объем. После чего отображено графически для более удобного изучения:
Насколько мы можем видеть, значительной корелляции с программно построенным не наблюдается. Наоборот, мы можем видеть, что общих блоков у штаммов OS7 и KA1 значительно больше чем общих у KA1 и CP5, не смотря на то, что в программно построенном древе KA1 и CP5 объеденены в одну подветвь. Также можно заметить, что CP5 имеет больше уникальных блоков, чем OS7 и KA1. Эти факты позволяют сделать предварительный вывод, что дерево, построенное при помощи инструментария NPG-explorer является неверным. Мое предположение, что OS7 и KA1 являются более близкими штаммами, в то время как CP5 должен быть вынесен в отдельную ветвь.