Задание 1

Выбранные бактерии:

Acidothermus cellulolyticus	ACIC1
Bifidobacterium longum	BIFLO
Clavibacter michiganensis	CLAMS
Corynebacterium efficiens	COREF
Mycobacterium tuberculosis	MYCTU
Rhodococcus jostii	RHOJR
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD

Скобочная формула:

((ACIC1,(BIFLO,CLAMS)),((MYCTU,RHOIR),COREF),RUBXD)

Нетривиальные ветви

(ACIC1,BIFLO,CLAMS) против (MYCTU,RHOIR,COREF,RUBXD)

(ACIC1,BIFLO,CLAMS,COREF,RUBXD) против (MYCTU,RHOIR)

(BIFLO,CLAMS) против (ACIC1,MYCTU,RHOIR,COREF,RUBXD)

(ACIC1,BIFLO,CLAMS,RUBXD) против (MYCTU,RHOIR,COREF)

Исходное дерево

Задание 2

Полная таксономия добавлена в таблицу, таксоны, разделяющие ветви филогенетического дерева изображены на картинке.

Организм	Тип	Класс	Порядок	Семейство	Род
ACIC1	Actinobacteria	Actinomycetia	Acidothermales	Acidothermaceae	Acidothermus
BIFLO	Actinobacteria	Actinomycetia	Bifidobacteriales	Bifidobacteriaceae	Bifidobacterium
CLAMS	Actinobacteria	Actinomycetia	Micrococcales	Microbacteriaceae	Clavibacter
COREF	Actinobacteria	Actinomycetia	Corynebacteriales	Corynebacteriaceae	Corynebacterium
MYCTU	Actinobacteria	Actinomycetia	Corynebacteriales	Mycobacteriaceae	Mycobacterium
RHOJR	Actinobacteria	Actinomycetia	Corynebacteriales	Nocardiaceae	Rhodococcus
RUBXD	Actinobacteria	Rubrobacteria	Rubrobacterales	Rubrobacteraceae	Rubrobacter

Практикум 4

Задание 1

Из файлов протеомов на кодомо была сначала сформированна база, а затем запущен blastp сначала с порогом по E-Value 0.0001, а затем с порогом 0.001, так как в первом случае находок было недостаточно:

Выдача blastp

Мы можем заметить, что первые 7 находок имеют значительно меньшее E-Value и больший счет, чем следующие находки. Это объясняется тем, что они принадлежат к тому же семейству белков, что и данный в задании - это подтверждают и названия.

Задание 2

Дерево было полученно в программе MEGA при помощи Neighbor-joining по предворительно выровненным при помощи Muscle последовательностям белков:

Дерево в Newick-формате

Ортологи:FTSH_RUBXD и FTSH_MYCTU, CLPX_BIFLO и CLPX_ACIC1, CLPX_CLAMS и CLPX_COREF

Паралоги:A0LW31_ACIC1 и FTSH_ACIC1, Q8G3S2_BIFLO и Q8G871_BIFLO, FTSH_MYCTU и CLPX_MYCTU

Сокращенная версия:

В группе FtsH (ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH) наблюдается значительное сходство с оригинальным деревом филогении за исключением небольших различий, вызванных отсутствием в выдаче белка семейства FtsH у вида COREF и отличным от референсного положения ACIC1.

В группе CLPX (ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit) сходства минимальны, зато представленны белки из всех видов. Единичные совпадения, такие как расположение штаммов MYCTU и RHOJR в одной подветви могут быть как частично верно установленной филогенией, так и простой случайностью. Мое предположение в том, что такая разница возникает из-за значительно большей консервативности белков CLPX по сравнению с FtsH, а следовательно, недостаточным для установления филогении уровнем расхождения последовательностей. Это показывают и результаты бласт - белки фактически идентичны.