Uniprot/Swissprot



 

  • Home
  • My Projects
  • Terms
  • FBB
  • Comments
  • Contacts
  • Print

 

 

Получение из банка UniProt документ, содержащий информацию о белке GLOX_BACSU

Командой entret sw:GLOX_BACSU > ~/Term2/Block1/Practices/Pr2/glox_bacsu.entret записывает в файл gglox_bacsu.entret информацию о записи GLOX_BACSU банка SwissProt. (glox_bacsu.entret)

Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC O31616;
Идентификатор записи в БД ID GLOX_BACSU Reviewed; 369 AA.
Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Glycine oxidase; Short=GO; EC=1.4.3.19;
Дата создания документа DT 15-DEC-1998, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
Дата последнего исправления аннотации DT 11-JUL-2012, entry version 98.
Число публикаций, использованных при создании документа RN 6
Журнал и год самой поздней публикации RL J. Biol. Chem. 277:6985-6993(2002).
Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Cytoplasm; FAD; Flavoprotein; Herbicide resistance; Oxidoreductase; Reference proteome; Thiamine biosynthesis.
Что содержит поле комментариев? CC -!- FUNCTION: Catalyzes the FAD-dependent oxidative deamination of various amines and D-amino acids to yield the corresponding alpha- keto acids, ammonia/amine, and hydrogen peroxide. Oxidizes sarcosine (N-methylglycine), N-ethylglycine and glycine. Can also oxidize the herbicide glyphosate (N-phosphonomethylglycine). Displays lower activities on D-alanine, D-valine, D-proline and D- methionine. Does not act on L-amino acids and other D-amino acids. Is essential for thiamine biosynthesis since the oxidation of glycine catalyzed by ThiO generates the glycine imine intermediate (dehydroglycine) required for the biosynthesis of the thiazole ring of thiamine pyrophosphate.
-!- CATALYTIC ACTIVITY: Glycine + H(2)O + O(2) = glyoxylate + NH(3) + H(2)O(2).
-!- CATALYTIC ACTIVITY: D-alanine + H(2)O + O(2) = pyruvate + NH(3) + H(2)O(2).
-!- CATALYTIC ACTIVITY: Sarcosine + H(2)O + O(2) = glyoxylate + methylamine + H(2)O(2).
-!- CATALYTIC ACTIVITY: N-ethylglycine + H(2)O + O(2) = glyoxylate + ethylamine + H(2)O(2).
-!- COFACTOR: Binds 1 FAD per subunit.
-!- BIOPHYSICOCHEMICAL PROPERTIES: Kinetic parameters: KM=0.22 mM for sarcosine (at pH 8); KM=0.66 mM for N-ethylglycine (at pH 8); KM=0.99 mM for glycine (at pH 8); KM=46 mM for D-proline (at pH 8); KM=81 mM for D-alanine (at pH 8); KM=87 mM for glyphosate; pH dependence: Optimum pH is 8.0; Temperature dependence: Optimum temperature is 45 degrees Celsius;
-!- PATHWAY: Cofactor biosynthesis; thiamine diphosphate biosynthesis.
-!- SUBUNIT: Homotetramer.
-!- SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm (Probable).
-!- DISRUPTION PHENOTYPE: Cells lacking this gene have an absolute requirement for the thiazole alcohol for growth.
-!- BIOTECHNOLOGY: Introducing the gene coding for the glycine oxidase mutant Ser-51/Arg-54/Ala-244 in plants is an effective alternative mechanism for glyphosate tolerance in transgenic crops. In addition, transgenic plants that are able to oxidize glyphosate may represent an innovative bioremediation system for the soil treated with this herbicide.
-!- SIMILARITY: Belongs to the DAO family.
-----------------------------------------------------------------------
Copyrighted by the UniProt Consortium, see http://www.uniprot.org/terms Distributed under the Creative Commons Attribution-NoDerivs License
-----------------------------------------------------------------------
Идентификаторы записей PDB DR PDB; 1NG3; X-ray; 2.60 A; A/B=1-369.
PDB; 1NG4; X-ray; 2.30 A; A/B=1-369.
PDB; 1RYI; X-ray; 1.80 A; A/B/C/D=1-367.
PDB; 3IF9; X-ray; 2.60 A; A/B/C/D=1-369.

3.Вопросы о белке.

1) В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? На какой участок вашего белка Вы бы стали воздействовать,чтобы помешать его правильной локализации в клетке?
В строчке СС содержится пункт SUBCELLULAR LOCATION: Cytoplasm (Probable)., который включает в себя информацию о локализации белка в бактериальной клетке. В этом пункте написано, что данный мне белок находится в цитоплазме, значит белок гидрофилен. Следовательно, чтобы помешать правильной локализации белка в клетке прикрепить к нему большой гидрофодный остаток.

4.Определение, сколько белков в UniProt имеют тот же код белка или примерно то же описание (DE), что и мой белок.

 

Команда/Запрос Число записей в Swiss Prot Число записей в TrEMBL
infoseq sw:glox_* -only -description -noheading | wc --line 1 -
name:"Glycine oxidase" and "EC=1.4.3.19" 1 264
"Glycine oxidase" 4 805
"EC=1.4.3.19" 1 285
"Glycine oxidase" "1.4.3.19" 1 285

 

 

© Морозова Екатерина Анатольевна