1. Построение изображения электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи

В данном задании было построено изображение электронной плотности для белка с неизвестной функцией PDB ID: 1YOC. Для этой структуры были скачаны файлы с самой структурой (1yoc.ent) и с экспериментально полученной картой электронной плотности (EDS map, 1yoc.ccp4). 
Структура имеет разрешение 1.7Å, состоит из двух цепей А и В; длина одной аминокислотной цепи составляет147 а.о. (рис. 1).

Рис. 1. Структура 1уос, цепь А покрашена в зеленый, цепь В в ягодный.

Далее с помощью команды isomesh в PyMol, была визуализирована электронная плотность на разных уровнях подрезки. Результаты представлены на рисунке 2. При увеличении уровня подрезки ЭП начинает пропадать с петлевых частей белка; возможно это обусловлено повышенной мобильностью этих участков.

Рис. 2. Изображение ЭП на разных урвнях подрезки.

Далее были построены изображения электронной плотности на разных урвнях подрезки вокруг трех различных аминокислотных остатков цепи А: Trp 88 (рис. 3), Arg 85 (рис. 4), His 55 (рис. 5). Для остатка Trp 88 и His 55 по респределению электронной плотности достаточно точно можно определить положение атомов и тип аминокислоты. С другой стороны, боковая цепь остатка Arg 85 не вписывается в ЭП уже на уровне подрезки σ=1.

Рис. 3. Изображение ЭП для разных уровней подрезки Trp 88 цепи А.

Рис. 4. Изображение ЭП для разных уровней подрезки Arg 85 цепи А.

Рис. 5. Изображение ЭП для разных уровней подрезки His 55 цепи А.