Вторичная структура
Для работы был взят белок из первого практикума 1уос. Для определения вторичной структуры использовалась программа DSSP, устанновленная на kodomo как mkdssp.
Был получен файл 1уос.dssp, содержаший информацию о вторичных структурах (5ый столбец: Н - альфа спираль, Е - бета-лист) сравнивался с файлом PDB, где также есть информация о вторичных структурах (поля HELIX и SHEET). На рисунке 1 представлен белок 1уос с раскраской по вторичной структуре.
Рис. 1. 1уос с раскраской по вторичной структуре.
В таблице 1 приведено сравнение нескольких элементов вторичной структуры по результатам работы алгоритмов DSSP. Можно отметить, что предсказания алгоритма DSSP достаточно точно совпали с данными файла PDB.
Таблица 1
На рисунке 2 визуализированы структуры из таблицы 1. Светлоголубым отмечен β-тяж 1, темносиним - β-тяж 2, желтым - α-спираль 1, зеленым - α-спираль 2.
Рис. 2. Вторичные структуры.
В белке 1yoc были найдены такие редкие элементы вторичной структуры, как изолированные мостики и 310-спирали. Данные о предсказании DSSP приведены в таблице 2.
Таблица 2
Рис. 3. Изолированные β-мостики в структуре 1уос, предсказанные DSSP.
Рис. 4. 310-спирали в структуре 1уос, предсказанные DSSP.
На рисунке 3 представлены красным цветом остатки, формирующие изолированные β-мостики, а на рисунке 4 показаны золотым цветом остатки, образующие 310-спирали. Как видно из рисунка они представлены в виде коротких и деформированных фрагментов (эти спирали слишком тугие).
