Совмещение
С помощью PDBeFold был получен перечень структурных гомологов белка 1yoc. Параметры подбора подходящих гомологов: 0.8 Å ≤ RMSD ≤ 2.5 Å и длиной выравнивания (Nalign) более 50 % от длины белка (Nquery = 145). В таблице 1 представлены характеристики найденных гомологов.
Таблица 1. Характеристика выбранных структур, гомологичных 1yoc, по результатам поиска в PDBeFold.
Как видно из рисунка 1, большая часть структуры белков достаточно хорошо совпадает друг с другом. Основные отличия наблюдаются преимущественно в петлях и некоторых спиралях, а одна из спиралей и вовсе присутствует лишь только в исходном белке (рис. 2). Визуализация выравнивания была с делана с помощью программы PyMol, командой "align".
Рис. 1 (слева) и рис. 2 (справа). Зеленым цветом представлен белок - 1yoc, розовым - 4ord, фиолетовым - 4zrf, серебряным - 4qda.
С помощью сервиса PDBeFold было полученно структурное выравнивание исходного белка 1yoс со своими гомологами. Выравнивание представлено на рисунке 3.
Рис.3 Структурное выравнивание.
Далее с помощью JalView, Muscle с параметрами по умолчание было построено выравнивание все тех же последовательностей. Результаты представлены на рисунке 4.
Рис.4 Выравнивание, построенное Muscle.
Полученные выравнивания оказались достаточно похожими, однако можно отметить и некоторые различия. В качестве примера была взята позиция 125 структурного выравнивания, где в случае 1yoc стоит Gln, выровненный с тройкой полярных аминокислот Thr. В выравнивании, полученном с помощью Muscle, вместо Gln стоит Ala (позиция 124). На рисунке 5 показано как данный участок выглядит при совмещении структур. Не трудно заметить, что Gln, предсказанный структурным выравниванием достаточно хорошо совмещается с остатками других гомологов. А вот Ala, предсказанный Musclе, лежит поотдаль других остатков и фактически расположен в петле. Можно утверждать, что для данного случая структурное выравнивание является более правдоподобным.
Рис. 5. Визуализация фрагмента структурного выравнивания.
