С помощью сервиса CluD были найдены гидрофобные ядра в структуре аллен-оксид циклазы 2dio. Порог расстояния был установлен по умолчанию - 5.4 Å. При варьировании значений порога от 5.0 до 5.6 Å, существенных изменений в идентификации кластеров не наблюдалось.
В структуре удалось найти 6 гидрофобных кластеров, содержащих более 30 атомов. На рисунке 1 изображены различные гидрофобные кластеры циклазы 2dio. Желтым указан кластер в 304 атома, цветом бордо отмечен кластер в 185 атомов, розовым - 184, синим - 237, фиолетовым - 119 и голубым - 116. Также в структуре этого фермента были найдены совсем маленькие гидрофобные участки (<=4 атома), которые не являются частью больших кластеров. Примечательно, что все они находятся внутри спиралей ( в то время каки крупные гидрофобные кластеры преимущественно формируются β-листами) и могут нести какую-то важную функцию. Данные участки представлены на рисунке 2 справа, слева же представлены участки, которые скорее всего пренадлежат большим кластерам.

Рис. 1. Гидрофобные кластеры фермента 2dio.

Рис. 2. Небольшие гидрофобные участки в структуре 2dio.

Также были проанализированы контакты между субъединицами внутри олигомера В веротоксина 1 2xsc. Между цепями пентамера выделяются пять гидрофобных кластеров, которые представлены на рисунке 3 разными цветами. Голубым - кластер в 28 атомов, фиолетовым в 29, цветом бордо отмечен кластер в 30 атомов, розовым в 30, синим в 31. Порог расстояния составил 5.4 Å.

Рис. 3. Гидрофобные кластеры между цепями олигомера В веротоксина 1.