Описание доменной архитектуры белка GLOX_BACSU в соответствии с банком Pfam

На главной странице Pfam доступны различные виды поиска. Проведем поиск по ID (раздел JUMP TO) и получим следущее:

Доменная структура белка GLOX_BACSU по данным Pfam

 
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
Положение в последовательности белка GLOX_BACSU Клан
1. PF01266 DAO

Семейство ФАД-зависимых оксидоредуктаз.

Оксидаза Д-аспартата, входящая в этой семейство, является ферментом, сходным структурно с DAO. Она катализирует те же реакции что и DAO, но является активной только по отношению к дикарбоновым Д-аминокислотам.

 5-345 Клан NADP_Rossmann(CL0063), содержит 178 семейств, у пяти неизвестна функция (PFAM ID: DUF1442, DUF519, DUF268Methyltransf_21, UPF0146, Methyltransf_28, DUF633, DUF1776, DUF2431, DUF938, DUF890, Methyltransf_29, )

Домен DAO входит в 160 различных архитектур.

Последовательность известна для 18503 белков, содержащих домен DAO.

Пространственная структура определена для 14 различных белков (информация представлена в разделе Structures).

Выравнивание seed фрагментов белков, соответствующих домену DAO, можно сохранить из раздела Alignments:

Полученный файл PF01266_seed.msf

Описание доменной архитектуры, в которой присутствует два или более разных домена

Белок GLOX_BACSU включает единственный домен. Посмотрим в какие доменные архитектуры входит мой домен (64 шт.). Выберем для изучения одну из них, например,DAO, Fer2_BFD:

В разделе Species доступна информация распределении числа последовательностей с рассматриваемым доменов по таксонам. Домен DAO содержится в белках 2800 видов, домен Fer2_BFD - 1701 видов.

Представленность домена PF01266 в организмах разных таксонов

Таксон
Количество встреч в последовательностях с доменом PF01266
Эукариоты
Зеленые растения (Viridiplantae)

282
Грибы (Fungi)

1301
Животные (Metazoa)

627
Остальные эукариоты

219
Археи (Archaea)

358
Бактерии (Bacteria)

15673
Вирусы (Viruses)

0

Представленность домена PF04324 в организмах разных таксонов

Таксон
Количество встреч в последовательностях с доменом PF04324
Эукариоты
Зеленые растения (Viridiplantae)

2
Грибы (Fungi)

48
Животные (Metazoa)

0
Остальные эукариоты

14
Археи (Archaea)

68
Бактерии (Bacteria)

4312
Вирусы (Viruses)

0

Сравнение описания мотивов в разных банках семейств по данным InterPro

На главной странице InterPro доступен поиск по различным идентификаторам. Воспользуемся поиском по идентификатору UniProt белка:

Полученные данные выглядят так: