Secondary structure of 1RYI protein
1. Общее описание вторичной структуры 1RYI
Количество α-спиралей - 12
Количество β-тяжей - 17
Количество β-поворотов - 28
Ленточная структура цепи А
1RYI относится к α+β белкам, так как в его структуре нерегулярно чередуются α-спирали и β-листы.α-спираль
2. α-спираль
Синим цветом выделена самая длинная спираль с ASP271-LEU286
|
|
Остов выбранной альфа-спирали представлен в толстой проволочной модели с раскраской по атомам;
- показаны водородные связи между атомами остова; около каждого атома Сα указан номер остатка
- добавлены атомы Сβ в виде небольших красных шариков, соединенных тонкими линиями с атомами Сα
|
|
скрипт для получения изображений
Водородная связь между кислородом карбоксигруппы i и азотом аминогруппы i+4 остатков(считая от N-конца).
Радикалы торчат из спирали наружу.
3.β-листы
Для исследования выбраны антипараллельные β-тяжи с номерами остатков 254-258; 220-230; 293-304. Самая длинная пара соседних антипараллельных бета-тяжей LYS293-THR304 и LEU220-TPR230.
Антипараллельные β-тяжи в ленточной модели | Антипараллельные β-тяжи в ленточной модели | Антипараллельные β-тяжи с выделенными водородными связями между атомами остовов и Сα атомы | Антипараллельные β-тяжи с выделенными водородными связями между атомами остовов и Сα,Сβ атомы |
|
|
|
|
|
Антипараллельные цепи будут образовывать паттерн водородных связей следующим образом:
i остаток будет образовывать водородную связь с k, k - с i+2, i+2 - с k+2, k+2 - с i+4 и т. д.
Радикалы вдоль тяжа располагаются поочерёдно над и под плоскостью листа.
Также были исследованы параллельные β-тяжи с номерами остатков 30-33; 4-10; 191-200. Самая длинная пара соседних антипараллельных бета-тяжей GLY191-VAL200 и HIS4-ILE10.
Параллельные β-тяжи в ленточной модели | Параллельные β-тяжи в ленточной модели | Параллельные β-тяжи с выделенными водородными связями между атомами остовов и Сα атомы | Параллельные β-тяжи с выделенными водородными связями между атомами остовов и Сα,Сβ атомы |
|
|
|
|
|
Антипараллельные цепи будут образовывать паттерн водородных связей следующим образом:
i остаток будет образовывать водородную связь с k, k - с i+2, i+2 - с k+2, k+2 - с i+4 и т. д.
Радикалы вдоль тяжа располагаются поочерёдно над и под плоскостью листа.
4.Реверсивный поворот
Был выбран следующий поворот: ARG179, ASP180, GLY181, GLU182, ALA183
Реверсивный поворот в ленточной модели (выделен фиолетовым цветом) | Реверсивный поворот в остовной модели | Реверсивный поворот в проволочной модели с раскраской по атомам |
|
|
|
|
Скрепляющая водородная связь отсутствует.