Выравнивание набора гомологов белка GLOX_BACSU

C помощью BLAST составим выборку из нескольких гомологов белка GLOX_BACSU , учитывая при этом следующие моменты:

  • E-value < 0.001 (можно установить такой порог при поиске);
  • процент идентичности выравнивания - от 40% до 80%;
  • отсутствие одинаковых белков из близко родственных организмов;
  • желательно ограничение выдачи таксоном Bacteria.

Полученную выборку можно представить в виде файла myproteins.list , содержащего адреса последовательностей:

sw:GLOX_BACSU         
sw:Y4548_PSEAE
sw:THIOG_SYNY3
sw:DADA_VIBVY
sw:SOXB_RHOCB
sw:THIOG_ANAVT
sw:THIOG_NOSS1
sw:ORDL_HAEIN

Чтобы получить последовательности в fasta-формате, выполним следующую команду (знак @ указывает программе, что входной файл следует рассматривать как лист-файл):

seqret @myproteins.list myproteins.fasta

В результате получим файл myproteins.fasta , содержащий указанные выше последовательности в fasta-формате.

ользуясь возможностями программы JalView построим множественное выравнивание отобранных последовательностей, например, с помощью Clustral (!):

(для увеличения изображения кликните на него мышкой)

Описание структуры выравнивания

Ниже представленны 3 наиболее консервативных участка в выравнивании

Участки

Координаты по столбцам выравнивания 432-437 34-39 41-46
Координаты по остаткам исследуемого белка 341-346 6-11 13-18

Функционально консервативные позиции на наиболее выровненом участке

Функционально консервативные позиции в выравнивании образуют следующие группы сходных аминокислот (в скобках указано число таких групп в выравнивании):ED(2), VI (6), LIV (4), SA (2), STA (1), GA (1), GR (1), QE (1).

Файл с выравниванием в формате .jar

Программа Muscle

С помощью SRS осуществим поиск последовательностей малых дельта-антигенов в банке Swiss-Prot:

Было найдено 17 результатов, которые сохранили в фаста формате delta.fasta

Получим выравнивание программой Muscle в программе JalView и окрасим по BLOSUM62

Cоставим значение conservation colour increment на 100, чтобы увидеть число столбцов, в которых все аминокислотные остатки одинаковы.