Задание 7 (выполнено Борисовой Мариной)

Биологический смысл выравнивания последовательностей белков.

Задача: оценить автоматическое выравнивание с ручным выравниванием по наложению пространственных структур последовательностей.

I. Построение выравнивания аминокислотных последовательностей на основе пространственного наложения структур белков

Были заданы следующие последовательности 19 и 20. И их наложенная структура.

С помощью GenDoc было построенно выравнивание двух этих последовательностей по трёх-мерной структуре:

, где синие - немного различающиеся в пространстве структуры, зелёные - сильно отличающиеся структуры. И ещё две молекулы, как видно из изображения сделанного в RasMol, находятся относительно друг друга с небольшим сдвигом, поэтому полного наложения атомов не было.

II. Построение выравнивания этих же последовательностей программой needle и сравнение. Оценка качества работы автоматического выравнивания в данном случае.

19                 1 -FDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGK     49
                      .:..|..|:::|.|:.|..:.||.|.|..:..|:.....:|...|.:|:
20                 1 EQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGE     50

19                50 KSLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE     81
                     :||.|||:.|..:|.:|..             
20                51 RSLEEIKEALEKKGFTLKE-------------     69
Из приведённых данных здесь и в предыдущем задании, видно, что выравнивания одиннаковые. Поэтому в данном случае преимущество автоматического выравнивания было во времени, а также более точных данных. Как видно, программа needle отмечает полностью сходные, совпадающие и не совсем совпадающие остатки.