Были заданы следующие последовательности 19 и 20. И их наложенная структура.
С помощью GenDoc было построенно выравнивание двух этих последовательностей по трёх-мерной структуре:
, где синие - немного различающиеся в пространстве структуры, зелёные - сильно отличающиеся структуры. И ещё две молекулы, как видно из изображения сделанного в RasMol, находятся относительно друг друга с небольшим сдвигом, поэтому полного наложения атомов не было.
19 1 -FDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGK 49 .:..|..|:::|.|:.|..:.||.|.|..:..|:.....:|...|.:|: 20 1 EQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGE 50 19 50 KSLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE 81 :||.|||:.|..:|.:|.. 20 51 RSLEEIKEALEKKGFTLKE------------- 69Из приведённых данных здесь и в предыдущем задании, видно, что выравнивания одиннаковые. Поэтому в данном случае преимущество автоматического выравнивания было во времени, а также более точных данных. Как видно, программа needle отмечает полностью сходные, совпадающие и не совсем совпадающие остатки.