Название |
Мнемоника |
Таксономия |
Bradyrhizobium japonicum |
BRAJA |
Alphaproteobacteria; Rhizobiales |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
Betaproteobacteria; Burkholderiales |
Ralstonia pickettii |
RALPJ |
Betaproteobacteria; Burkholderiales |
Neisseria meningitidis |
NEIMA |
Betaproteobacteria; Neisseriales |
Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS |
Gammaproteobacteria; Enterobacteriales |
Proteus mirabilis |
PROMH |
Gammaproteobacteria; Enterobacteriales |
Pasteurella multocida |
PASMU |
Gammaproteobacteria; Pasteurellales |
Vibrio fischeri |
VIBFM |
Gammaproteobacteria; Vibrionales |
Функция |
Мнемоника |
Энолаза |
ENO |
3. файл после обработки muscle
4. диагностические позиции (файл):
Позиция | Betaproteobacteria | Gammaproteobacteria |
3 | A (+BRAJA) | K |
6 | D (+BRAJA) | K |
23 | C | A |
24 | D (+BRAJA) | E |
26 | L | H |
28 | S | - |
31 | - | F |
37 | V (+BRAJA) | A |
70 | H | A (+BRAJA) |
86 | E | - |
90 | L | I |
106 | L (+BRAJA) | F |
116 | M | L (+BRAJA) |
118 | V | - |
124 | E | A |
126 | - | K |
134 | - | I |
137 | - | L |
138 | - | N |
140 | G (+BRAJA) | T |
144 | M | - |
148 | V (+BRAJA) | L |
161 | N | D (+BRAJA) |
163 | S | N |
164 | L | V |
179 | F (+BRAJA) | L |
180 | F | K |
185 | C | - |
192 | A | - |
194 | K (+BRAJA) | A |
196 | - | V |
220 | - | A |
227 | V,L | - |
230 | - | V |
237 | A (+BRAJA) | L |
239 | E | K |
242 | L | T |
245 | L (+BRAJA) | M |
269 | - | F |
276 | - | H |
302 | W (+BRAJA) | F |
305 | L (+BRAJA) | Q |
311 | - | D |
344 | - | F |
349 | T (+BRAJA) | S |
358 | D, E | K |
362 | R | D |
379 | S (+BRAJA) | A |
389 | N (+BRAJA) | A |
398 | L (+BRAJA) | M |
411 | L (+BRAJA) | I |
416 | - | A |
420 | - | K,R |
422 | - | P |
423 | Y | F |
424 | P | - |
426 | K (+BRAJA) | L |
427 | - | K |
429 | F | V |
430 | Y | K (+BRAJA) |
431 | - | G |
432 | L (+BRAJA) | Q |
Всего | 45 | 54 |
5. Полученное дерево
В fprotpars получено 2 дерева:
a. ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(VIBFM,((YERPS,PROMH),PASMU))),BRAJA);

Начальное и это деревья не отличаются.
b. ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(YERPS,(VIBFM,(PROMH,PASMU)))),BRAJA);
Отличается ветка (YERPS,VIBFM, PASMU,PROMH).
6. Данные полученные с помощью программы fprotdist:
BRAJA 0.000000 0.535361 0.527236 0.568381 0.546644 0.490374 0.478838 0.440661
PASMU 0.535361 0.000000 0.136271 0.126878 0.134599 0.500246 0.461776 0.443476
VIBFM 0.527236 0.136271 0.000000 0.152839 0.121746 0.485429 0.481022 0.447445
PROMH 0.568381 0.126878 0.152839 0.000000 0.106114 0.537510 0.482655 0.457518
YERPS 0.546644 0.134599 0.121746 0.106114 0.000000 0.494206 0.461164 0.426479
NEIMA 0.490374 0.500246 0.485429 0.537510 0.494206 0.000000 0.365469 0.318335
BURCA 0.478838 0.461776 0.481022 0.482655 0.461164 0.365469 0.000000 0.097015
RALPJ 0.440661 0.443476 0.447445 0.457518 0.426479 0.318335 0.097015 0.000000
· Возьмём BRAJA, PASMU, VIBFM, PROMH Ультраметричность:
d(BRAJA,VIBFM) = 0.527236 d(BRAJA,PASMU) = 0.535361 d(PASMU,VIBFM) = 0.136271 Наиболее близкие расстояния (0,527236, 0,535361) и это больше третьего (0,136271). Следовательно, эта тройка удовлетворяет ультраметричности. d(PROMH,VIBFM) = 0.152839 d(PROMH,PASMU) = 0.126878 d(PASMU,VIBFM) = 0.136271 Наиболее близкие расстояния (0.136271, 0.126878) и это меньше третьего (0.152839). Следовательно, эта тройка НЕ удовлетворяет ультраметричности.
Аддитивность:
d(BRAJA,PROMH)+d(PASMU,VIMFM)= 0.568381 + 0.152839 = 0,72122
d(PROMH,PASMU) + d(BRAJA,VIBFM) = 0.126878 + 0.527236 = 0,654114
d(BRAJA,PASMU) + d(PROMH,VIBFM) = 0.535361 + 0.152839 = 0,688200
По условию аддитивности: две суммы из трёх должны быть равны друг другу и быть больше третьей.
Видим, что данные не удовлетворяют условию аддитивности.
7. Реконструкция дерева с помощью fneighbor:
a. Алгоритм Neighbor-Joining:

b. Алгоритм UPGMA:

Получаются деревья, у которых все ветки одинаковые. Для алгоритма UPGMA видно, что учитываются молекулярные часы. Все виды расположены на одном участке времени – сейчас.
Помимо этого все алгоритмы строят деревья подобные исходному (пункт 5).
8. Отзыв о TreeTop – здесь.