Задание 2 (выполнено Борисовой Мариной)

1.      

Название

Мнемоника

Таксономия

Bradyrhizobium japonicum

BRAJA

Alphaproteobacteria; Rhizobiales

Burkholderia cenocepacia

BURCA

Betaproteobacteria; Burkholderiales

Ralstonia pickettii

RALPJ

Betaproteobacteria; Burkholderiales

Neisseria meningitidis

NEIMA

Betaproteobacteria; Neisseriales

Yersinia pseudotuberculosis

YERPS

Gammaproteobacteria; Enterobacteriales

Proteus mirabilis

PROMH

Gammaproteobacteria; Enterobacteriales

Pasteurella multocida

PASMU

Gammaproteobacteria; Pasteurellales

Vibrio fischeri

VIBFM

Gammaproteobacteria; Vibrionales

2.      Последовательности белков

Функция

Мнемоника

Энолаза

ENO

 

 

3.     файл после обработки muscle
 
4.      диагностические позиции (файл):
Позиция Betaproteobacteria Gammaproteobacteria
3 A (+BRAJA) K
6 D (+BRAJA) K
23 C A
24 D (+BRAJA) E
26 L H
28 S -
31 - F
37 V (+BRAJA) A
70 H A (+BRAJA)
86 E -
90 L I
106 L (+BRAJA) F
116 M L (+BRAJA)
118 V

-

124 E A
126 - K
134 -

I

137 - L
138 - N
140 G (+BRAJA) T
144 M -
148 V (+BRAJA) L
161 N D (+BRAJA)
163 S N
164 L V
179 F (+BRAJA) L
180 F K
185 C -
192 A -
194 K (+BRAJA) A
196 - V
220 - A
227 V,L -
230 - V
237 A (+BRAJA) L
239 E K
242 L T
245 L (+BRAJA) M
269 - F
276 - H
302 W (+BRAJA) F
305 L (+BRAJA) Q
311 - D
344 - F
349 T (+BRAJA) S
358 D, E K
362 R D
379 S (+BRAJA) A
389 N (+BRAJA) A
398 L (+BRAJA) M
411 L (+BRAJA) I
416 - A
420 - K,R
422 - P
423 Y F
424 P -
426 K (+BRAJA) L
427 - K
429 F V
430 Y

K (+BRAJA)

431 - G
432 L (+BRAJA) Q
Всего 45 54

5. Полученное дерево
В fprotpars получено 2 дерева:
a.      ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(VIBFM,((YERPS,PROMH),PASMU))),BRAJA);
Начальное и это деревья не отличаются.
b.      ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(YERPS,(VIBFM,(PROMH,PASMU)))),BRAJA);
 
Отличается ветка (YERPS,VIBFM, PASMU,PROMH).
 
6.     Данные полученные с помощью программы fprotdist:
BRAJA       0.000000  0.535361  0.527236  0.568381  0.546644  0.490374  0.478838  0.440661
PASMU      0.535361  0.000000  0.136271  0.126878  0.134599  0.500246  0.461776  0.443476
VIBFM       0.527236  0.136271  0.000000  0.152839  0.121746  0.485429  0.481022  0.447445
PROMH     0.568381  0.126878  0.152839  0.000000  0.106114  0.537510  0.482655  0.457518
YERPS       0.546644  0.134599  0.121746  0.106114  0.000000  0.494206  0.461164  0.426479
NEIMA       0.490374  0.500246  0.485429  0.537510  0.494206  0.000000  0.365469  0.318335
BURCA      0.478838  0.461776  0.481022  0.482655  0.461164  0.365469  0.000000  0.097015
RALPJ       0.440661  0.443476  0.447445  0.457518  0.426479  0.318335  0.097015  0.000000

·  Возьмём BRAJA, PASMU, VIBFM, PROMH
	Ультраметричность:
d(BRAJA,VIBFM) = 0.527236
d(BRAJA,PASMU) = 0.535361
d(PASMU,VIBFM) = 0.136271
Наиболее близкие расстояния (0,527236, 0,535361) и это больше третьего (0,136271).
Следовательно, эта тройка удовлетворяет ультраметричности. 
d(PROMH,VIBFM) = 0.152839
d(PROMH,PASMU) = 0.126878
d(PASMU,VIBFM) = 0.136271
Наиболее близкие расстояния (0.136271, 0.126878) и это меньше третьего (0.152839).
Следовательно, эта тройка НЕ удовлетворяет ультраметричности. 
    	 Аддитивность:
			d(BRAJA,PROMH)+d(PASMU,VIMFM)= 0.568381 + 0.152839 = 0,72122
			d(PROMH,PASMU) + d(BRAJA,VIBFM) = 0.126878 + 0.527236 = 0,654114
			d(BRAJA,PASMU) + d(PROMH,VIBFM) = 0.535361 + 0.152839 = 0,688200
			По условию аддитивности: две суммы из трёх должны быть равны друг другу и быть больше третьей. 
			Видим, что данные не удовлетворяют условию аддитивности.
 
7.     Реконструкция дерева с помощью fneighbor: 
a.      Алгоритм Neighbor-Joining:
b.     Алгоритм UPGMA:
Получаются деревья, у которых все ветки одинаковые. 
	Для алгоритма UPGMA видно, что учитываются молекулярные часы. Все виды расположены на одном участке времени – сейчас.
Помимо этого все алгоритмы строят деревья подобные исходному (пункт 5).
8.                        Отзыв о TreeTopздесь.

    © 2010 Borisova Marina