Задание 2 (выполнено Борисовой Мариной)

1.      

2.      Последовательности белков

3.     файл после обработки muscle

4.      диагностические позиции (файл):

5. Полученное дерево

В fprotpars получено 2 дерева:

a.      ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(VIBFM,((YERPS,PROMH),PASMU))),BRAJA);

Начальное и это деревья не отличаются.

b.      ((((RALPJ,BURCA),NEIMA),(YERPS,(VIBFM,(PROMH,PASMU)))),BRAJA);

Отличается ветка (YERPS,VIBFM, PASMU,PROMH).

6.     Данные полученные с помощью программы fprotdist:

BRAJA       0.000000  0.535361  0.527236  0.568381  0.546644  0.490374  0.478838  0.440661

PASMU      0.535361  0.000000  0.136271  0.126878  0.134599  0.500246  0.461776  0.443476

VIBFM       0.527236  0.136271  0.000000  0.152839  0.121746  0.485429  0.481022  0.447445

PROMH     0.568381  0.126878  0.152839  0.000000  0.106114  0.537510  0.482655  0.457518

YERPS       0.546644  0.134599  0.121746  0.106114  0.000000  0.494206  0.461164  0.426479

NEIMA       0.490374  0.500246  0.485429  0.537510  0.494206  0.000000  0.365469  0.318335

BURCA      0.478838  0.461776  0.481022  0.482655  0.461164  0.365469  0.000000  0.097015

RALPJ       0.440661  0.443476  0.447445  0.457518  0.426479  0.318335  0.097015  0.000000

·  Возьмём BRAJA, PASMU, VIBFM, PROMH
	Ультраметричность:

d(BRAJA,VIBFM) = 0.527236
d(BRAJA,PASMU) = 0.535361
d(PASMU,VIBFM) = 0.136271
Наиболее близкие расстояния (0,527236, 0,535361) и это больше третьего (0,136271).
Следовательно, эта тройка удовлетворяет ультраметричности. 
d(PROMH,VIBFM) = 0.152839
d(PROMH,PASMU) = 0.126878
d(PASMU,VIBFM) = 0.136271
Наиболее близкие расстояния (0.136271, 0.126878) и это меньше третьего (0.152839).
Следовательно, эта тройка НЕ удовлетворяет ультраметричности. 

    	 Аддитивность:
			d(BRAJA,PROMH)+d(PASMU,VIMFM)= 0.568381 + 0.152839 = 0,72122
			d(PROMH,PASMU) + d(BRAJA,VIBFM) = 0.126878 + 0.527236 = 0,654114
			d(BRAJA,PASMU) + d(PROMH,VIBFM) = 0.535361 + 0.152839 = 0,688200
			По условию аддитивности: две суммы из трёх должны быть равны друг другу и быть больше третьей. 
			Видим, что данные не удовлетворяют условию аддитивности.

7.     Реконструкция дерева с помощью fneighbor: 

a.      Алгоритм Neighbor-Joining:

b.     Алгоритм UPGMA:

Получаются деревья, у которых все ветки одинаковые. 
	Для алгоритма UPGMA видно, что учитываются молекулярные часы. Все виды расположены на одном участке времени – сейчас.

Помимо этого все алгоритмы строят деревья подобные исходному (пункт 5).

8.                        Отзыв о TreeTop – здесь.

© 2010 Borisova Marina