Задание 4 (выполнено Борисовой Мариной)

  1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

  2. Анализ: здесь отличается ветка (PASMU,VIBFM,YERPS,PROMH). Мы говорили, что дерево по РНК точнее, если белки близки друг другу. Но, к сожалению, мы не можем определить когда и как именно разошли эти родственные белки. Из-за этого и возникают различия между деревьями построенными по белковой последовательности и по РНКовой.

    Дерево было построено с помощью метода Neighbor-Joining (подала матрицу из fdnadist в fneighbor) - файл.

    Правильное дерево:

  3. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги
  4. Паралоги:RALPJ_1FtsH и RALPJ_2FtsH

    Ортологи:RALPJ_2FtsH и BURCA_1FtsH

    Ортологи:PROMH_ClpX и YERPS_ClpX и т.д.

    Дерево было по строено с помощью метода Neighbor-Joining (файл).

    Указание. Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.


    © 2010 Borisova Marina