Анализ: здесь отличается ветка (PASMU,VIBFM,YERPS,PROMH). Мы говорили, что дерево по РНК точнее, если белки близки друг другу. Но, к сожалению, мы не можем определить когда и как именно разошли эти родственные белки. Из-за этого и возникают различия между деревьями построенными по белковой последовательности и по РНКовой.
Дерево было построено с помощью метода Neighbor-Joining (подала матрицу из fdnadist в fneighbor) - файл.
Правильное дерево:
Паралоги:RALPJ_1FtsH и RALPJ_2FtsH
Ортологи:RALPJ_2FtsH и BURCA_1FtsH
Ортологи:PROMH_ClpX и YERPS_ClpX и т.д.
Дерево было по строено с помощью метода Neighbor-Joining (файл).
Указание. Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.