Cхема из Pfam:![]() |
|||||
Пояснения к схеме |
|||||
№ | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства домена (по-русски! и желательно с кратким пояснением) |
Положение в последовательности белка
AROE_Ecoli |
Клан |
1. | PF8501 | Shikimate_dh_N | Субстратсвязывающий домен шикимат дегидрогеназы | 8-88 | - |
2. | PF01488 | Shikimate_DH | Хинат-5-дегидрогеназа, катализирующая превращение хината в 5-дегидрохинат (шикиматный путь - биосинтез ароматических аминокислот). |
116-130 | Клан NADP_Rossmann (CL0063), содержит 148 сем-в, у 15-ти неизвестна функция |
Представлено 9 подписей, пять из которых интегрированны в InterPro. Наиболее отличаются от структуры доменов БД Pfam структуры БД TIGRFAMs и HAMAP. Согласно данным этих БД существует только один домен у белка.
Также привлекает внимание структура БД PANTHER, в которой присутствует только один укороченный домен. По анотации этой БД этот домен выполняет дегидрогеназную функцию в шикиматном пути.
Благодаря вводу в консоли display *:A, мы получаем нижеприведённый рисунок (PDB: 1nyt). Как видно из него, весь белок состоит из 4х повторяющихся частей. В каждой 2 домена. Таким образом, да, соответствуют отдельным компактным частям структуры. Зелёным представлен домен Shikimate_dh_N ( PF08501), а красным - описанный выше домен - Shikimate_DH ( PF01488).
Домен Pfam попадает на структурный домен полностью. При внимательном рассмотрении видно, что каждый домен занимает своё место - не пересекаясь с другим доменом.
Таксон |
Количество белков с доменом PF01488. |
|
Эукариоты | Зеленые растения | 99 |
Грибы | 152 |
|
Животные | - |
|
Остальные эукариоты | 11 |
|
Бактерии | 2825 |
|
Археи | 134 |
№ | PFAM ID | Количество белков в Escherichia coli (strain K12) |
1. | PF8501 | 2 (шикимат дегидрогеназа, хинат/шикимат дегидрогеназа) |
2. | PF01488 | 3 (шикиматная дегидрогеназа, глутамил тРНК-редуктаза, хинат/шикимат дегидрогеназа) |
Рассмотрим домен PF8501. Как субстрат связывающий домен, на нём не должны сильно сказываться доменные перестройки. Так как он является важной структурной единицей для ферментативного домена. Субстрат связывающий домен определяет функциональную специфичность прилежащего домена.
Видим: рассматриваемый домен изображён зелёным - может не сохранять свою структуру (располагаться совместно с доменом PF01488 (красный)), хотя имеет такую тенденцию. Но всегда располагается с доменами ферментов шикиматного пути. Причина снова приводит к его функции - субстратсвязывающий домен. Также есть случай дупликации этого домена, каждая дупликация скорее всего необходима для связывания субтрата с близ лежащим доменом: 3-дегидрохиназы или хинат-5-дегидрогеназы.
![]() |
Рассмотрим домен PF01488. Когда обсуждались белки уже было показано, что этот домен может встречаться (в силу своей функции) без своего субстратсвязывающего домена.
Видим: Данный домен действительно может встречаться и без субстратсвязывающего домена. Прчём, если это происходит белок с этим доменом обладает различными функциями. На рисунках: 1 - глутамил-тРНК редуктаза; 2 - MtdA бифункциональный белок (совместно с метилен-тетрагидрометан дегидрогеназным доменом); 3 - алкоголь дегидрогеназа.
Как видно из всех рисунков, домен PF01488 стоит ближе к С-концу, а PF8501 - к N-концу. Причём эта же тенденция сохраняется и при перестройках, в сочетании с другими доменами.
© 2010 Borisova Marina