Azulene : C1=CC=C2C=CC=C2C=C1 Napthalene: c1ccc2ccccc2c1
Видно, что структура азулена не плоская, поэтому её структуру попробуем поизменять в разных силовых полях с помощью obgen:
obgen azulene.smi -ff [MMFF94 or MMFF94s or UFF] > [azu1.mol, azu2.mol, azu3.mol]
В силовом поле UFF получили более правильную геометрию ароматической молекулы, поэтому берём её для оптимизации с помощью Mopac.
В итоге оптимизации получили два входных файла для GAMESS: azu_opt.inp и nap_opt.inp.
После оптимизации били получены файлы: azu_opt.log и nap_opt.log.
Оптимизация проводилась с базисом N31.
Создали по два файла для каждого соединения: азулен (Хатри-Фок), азулен (DFT), нафтален (Хатри-Фок), нафтален (DFT).
Получили по два файла с энергией: азулен (Хатри-Фок), азулен (DFT), нафтален (Хатри-Фок), нафтален (DFT).
Вещество Хартри-Фок DFT Naptdalene -383.3547 -385.6401 Azulene -383.2814 -385.5846 Δ, Hartree 0,07335 0,0555 Δ, kCal/mol 46,02778 34,8267 Для получения значения разницы энергий в ккал/моль: 1 Hartree = 627.509kCal/mol
© 2010-11 Borisova Marina