Выбранные связи:
('NH1:143:A', 'O7A:182:B'),
('NE1:98:A', 'O3B:182:B'),
('OH:63:A', 'O6C:182:B')
Было получено 5 pdb файлов.
Все структуры очень похожи между собой. Отличаются только небольшими сдвигами атомов.
Сравнение структур со структурой образца (лизоцим форели): структуры совпадают - одинаковое количество альфа-спиралей и бета-тяжей. Единственное отличие - хвост у модели из 27 остатков.
Модели были проверены с помощью: Coarse Packing Quality Control, Anomalous bond lengths, Planarity, Fine Packing Quality Control.
Все полученные данные находятся в файле.
Таблица сравнения:
1 2 3 4 5 Average for range -2.231 -2.249 -2.281 -2.347 -2.203 Number of anomalous bond lengths and Z-score 5
1.023
6
1.046
0
0,968
0
0,968
5
1.031
Not planar group 1 1 0 1 0 Packing Quality (Z-score) -5.87 -6.13 -5.68 -6.34 -5.98 Параметры выбора:
- Average for range должно быть не меньше -5;
- Number of anomalous bond length должно быть минимальным и Z-score близкий к 0;
- Не должно быть не планарных групп;
- Packing Quality Z-score должен быть близок к 0.
Наилучшей моделью среди полученных является - третья (нет аномальных длин связей, нет не планарных групп и Z-score минимальный).
Но действительно хорошей модели нет, т.к. Z-score у всех слишком маленький.
© 2010-11 Borisova Marina