Флавогемопротеин (flavohemoprotein)

Краткое название белка — HMPA_ECOLI
Полное название организма — Escherichia coli, K-12
Название гена — hmpA
Номер локуса в бактериальной хромосоме — b2552

Последовательность в формате FASTA:


>HMPA_ECOLI
MLDAQTIATVKATIPLLVETGPKLTAHFYDRMFTHNPELKEIFNMSNQRNGDQREAL
FNAIAAYASNIENLPALLPAVEKIAQKHTSFQIKPEQYNIVGEHLLATLDEMFSPGQ
EVLDAWGKAYGVLANVFINREAEIYNENASKAGGWEGTRDFRIVAKTPRSALITSFE
LEPVDGGAVAEYRPGQYLGVWLKPEGFPHQEIRQYSLTRKPDGKGYRIAVKREEGGQ
VSNWLHNHANVGDVVKLVAPAGDFFMAVADDTPVTLISAGVGQTPMLAMLDTLAKAG
HTAQVNWFHAAENGDVHAFADEVKELGQSLPRFTAHTWYRQPSEADRAKGQFDSEGL
MDLSKLEGAFSDPTMQFYLCGPVGFMQFTAKQLVDLGVKQENIHYECFGPHKVL

Мои вычисления с помощью Excel

Аминокислотный состав белка

A (аланин)	10,86%
C (цистеин)	0,505%
D (аспарагиновая кислота)	5,051%
E (глутаминовая кислота)	7,323%
F (фенилаланин)	5,303%
G (глицин)	8,081%
H (гистидин)	3,283%
I (изолейцин)	4,04%
K (лизин)	5,303%
L (лейцин)	8,586%
M (метионин)	2,525%
N (аспарагин)	4,55%
P (пролин)	5,303%
Q (глутамин)	5,051%
R (аргинин)	3,788%
S (серин)	3,788%
T (треонин)	5,303%
V (валин)	6,818%
W (триптофан)	1,515%
Y (тирозин)	3,03%

Длина последовательности — 396 а.о.
Молярная масса — 44077.52 г/моль.
Средний заряд молекулы при рН=7.0 — –1,87.
Отношение содержания гидрофобных остатков A (аланин), C (цистеин), F (фенилаланин), I (изолейцин), L (лейцин), M (метионин), V (валин) к содержанию гидрофильных D (аспарагиновая кислота), E (глутаминовая кислота), H (гистидин), K (лизин), N (аспарагин), Q (глутамин), R (аргинин), S (серин) — 1,013, что позволяет думать, что данный белок не является мембранным. Отношение гидрофобных к гидрофильным меньше, чем в среднем. Значит он находится в более водной среде, чем стандартный белок (совокупность всех мембранных и цитоплазматических белков). Тем более мембранный белок состоит из многих гидрофобных аминокислот (7/8 от всех) для закрепления в мембране; у белка HMPA_ECOLI гидрофобных аминокислотных остатков недостаточно для успешного удержания в мембране.