Поиск проводился с помощью разновидности программы BLAST -BLASTp с использованием следующих параметров:
Множественное выравнивание последовательностей
Из таблицы находок BLAST были выбраны 6 последовательностей:
Было построено множественное выравнивание этих последовательностей. Из полученного выравнивания можно сделать вывод о том, что рассмотренные белки гомологичны, т.к. в выравнивании имеется 2 участка, начинающихся и заканчивающихся абсолютно консервативной позицией, с длинной более 6 а.о., без колонок с гэпами и с высокой плотностью консервативных позиций.
Участки множественного выравнивания
С помощью программы BLASTP была построена карта локального сходства двух альдолаз дигидронеоптерина S8FKT8_FOMPI и S7RMD1_GLOTA из организмов двух агарикоидных грибов: Fomitopsis pinicola и Gloeophyllum trabeum соответственно. На горизонтальной оси находится последовательность S7RMD1_GLOTA, а на вертикальной S8FKT8_FOMPI
Карта локального сходства
У S8FKT8_FOMPI произошли дупликации участка последовательности, мелкие делеции и одна довольно крупная транслокация. У S7RMD1_GLOTA имеется несколько участков которые у S8FKT8_FOMPI представлены несколько раз, но не рядом, а в разных частях последовательности (т.е. это либо дупликация с последующей транслокацией, либо непонятно что).
Я взяла такую последовательность:"isawthecakeitwasverytastyandbeautifulandideceideditisanidealandveryverytasty" и пыталась с помощью BLAST найти её гомологов в бд swissprot.
Первый сеанс поиска производился со стандартными параметрами(как в задании 1, только Max target sequences был 100 и
была отключена опция "Automatically adjust parameters for short input sequence"), в результате этого сеанса гомологи не обнаружились. Далее я изменила параметр Word size на "3" и "2",
в обоих случаях нашлась одна последовательность со следующими значениями:
Единственное отличие двух сеансов - во времени работы, так сеанс с параметром Word Size "2" работал дольше. Это понятно ведь данный параметр задаёт длину фрагментов query,
с которыми BLAST будет строить выравнивания, чтобы найти гомологичные последовательности, следовательно, чем короче фрагмент, тем больше выравниваний будет строиться и
тем больше времени тратиться.
Ещё один сеанс поиска я провела со следующими параметрами: Word size:"2" и Matrix:"BLOSUM45", остальные параметры по умолчанию, и получила следующие результаты:
Т.е. в этом случае нашлись 4 последовательности, правда все с довольно большим значением E-value.Это говорит о том, что найденные последовательности, вероятнее просто случайность, чем действительно гомологичные.
Также у полученных выравнивания довольно низкий вес,но в данном случае это не очень важно, поскольку query сама по себе короткая.