Выравнивания гомологичных и негомологичных белков

Определение гомологичности белков с помощью выравнивания

В данном задании были построены локальные (с помощью программы EMBOSS - water) и глобальные (needle) выравнивания гомологичных и негомологичных белков. Результаты можно увидеть в excel-таблице. Судя по полученным данным о гомологичности белков можно говорить, если в глобальном выравнивании процент идентичности(identity) больше 35, а схожести(simularity) больше 50. В локальном выравнивании эти значения ожидаемо выше, поскольку оно использует части последовательностей, на которых прогнозируется максимальная гомология. Хотя во многих случаях это различие незначительно. Мне кажется, что полученная мной нижняя граница для значения идентичности гомологичных белков не самая правильная, поскольку для одной из пар оно составляет всего 36%, на мой взгляд это довольно маленькая цифра, поэтому в таком случае лучше смотреть на процент схожести, так как он также учитывает аминокислоты со сходными свойствами.Ведь вполне реально, что в белке могли произойти замена одной аминокислоты на другую со схожими свойствами, а белок при этом остался в рабочем состоянии.

Построение множественного выравнивания

Множественное выравнивание гомологичных белков с мнемоникой ASSY

Сравнение выравниваний

В данном задании проводилось сравнение 3 выравниваний гомологичных белков ASSY_LEPBJ и ASSY_NOCFA.Сравнивались выравнивания
1)полученное из множественного(см. предыдущий пункт);
2)с помощью программы needle;
3)с помощью программы water.
Полученные выравнивания незначительно отличались только в двух местах: поскольку 1 и 2 являются глобальными, а 3 локальным, то 3 выравнивание короче, чем 1 и 2.(на картинках представлены участки 2 и 3 выравниваний).

Если проекты выравниваний в Jalview не открываются,то их можно найти на kodomo по адресу "~/term2/block3/credits/Tochilkina_assy.jvp"-множественное выравнивание, "~/term2/block3/credits/assy_1-2-3.jvp"- сравнение трёх выравниваний.

---