Геномные браузеры
1.UCSC
I.
Для выполнения этого задания был выбран Kinesin-like protein KIF2A, Kinesin-like protein KIF2A в UCSC.
| короткое имя гена | KIF2A |
| идентификатор гена в Gencode | ENSG00000068796.16 |
| цепь | + |
| хромосома | 5 |
| плечо и полоса | q12.1 |
| количество альтернативных продуктов | 4 |
| идентификатор Gencode | координаты в хромосоме (включая UTR'ы) | общее число экзонов | длина белка (а.о.) | |
| transcript variant 1 | ENST00000401507.7 | chr5:62,306,162-62,385,676 | 20 | 706 |
| transcript variant 2 | ENST00000407818.7 | chr5:62,306,452-62,385,628 | 21 | 744 |
| transcript variant 3 | ENST00000381103.6 | chr5:62,306,251-62,386,383 | 21 | 686 |
II.картинка окрестности гена из Genome Browser
2.Ensembl
С помощью геномного браузера Ensmbl было получено выравнивание
гена кинезиноподобного белка KIF2A человека и шимпанзе.
C помощью команды Emboss infoalign получена информация о количестве различающихся позиций и длине выравнивания.
Команда: infoalign alignment_Pan_troglodytes.msf -out stdout -only -diffcount -heading -alignlength
| alignlength | different positions | |
| Human | 233012 | 0 |
| Chimpanzee | 233012 | 2212 |
Т.е. процент различающихся позиций: (2212/233012)*100= 0,95 %. это полность согласуется с информацией, полученной
отсюда:
Геномы идентичны на 96%, а если не рассматривать вставки и делеции, то идентичность последовательностей составляет 99%.