Сборка de novo

1.Подготовка чтений программой trimmomatic

Команда - 'java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240380.fastq trim_reads.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7'
Результат - 'Input Reads: 5217318 Surviving: 5119143 (98,12%) Dropped: 98175 (1,88%)'
Команда - 'java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 trim_reads.fastq trim2_reads.fastq TRAILING:20 MINLEN:32'
Результат - 'Input Reads: 5119143 Surviving: 4865356 (95,04%) Dropped: 253787 (4,96%)'

2.Подготовка k-меров длины k=31 программой velveth

Команда - ' velveth 'velveth' 31 -fastq -short trim2_reads.fastq'
Результат - 3 файла в папке velveth : Log, Roadmaps (k-меры), Sequences (чтения)

3.Сборка на основе k-меров

Команда - 'velvetg 'velveth''
N50= 11628

контиг(ID)	длина	покрытие
3	25915	27.418676
20	23850	24.763816
23	23807	25.725921

"Аномальные" контиги

контиг(ID)	длина	покрытие
11	2083	126,050408
57	934	130,479657
110	86	2,651163

4.Анализ

1)контиг 3 (ложится на + цепь):

	координаты участка хромосомы	Identity	число гэпов
1	2004 - 11103	7229/9221(78%)	252/9221(2%)
2	613658 - 620926	5850/7385(79%)	190/7385(2%)
3	621055 - 627104	4678/6170(76%)	240/6170(3%)

Контиг ложится практически непрерывно (вспоминаем, что хромосома кольцевая).

2)контиг 20 (ложится на '-'цепь):

	координаты участка хромосомы	%Identity	число гэпов
1	236918 - 247596	8182/10884(75%)	391/10884(3%)
2	232358 - 236859	3466/4581(76%)	130/4581(2%)
3	229411 - 232057	2156/2685(80%)	71/2685(2%)
4	248967 - 252161	2527/3246(78%)	94/3246(2%)

Контиг ложится на хромосому с разрывами, и при этом часть контига никак не выровнялась с хромосомой.

3)контиг 23 (ложится на + цепь):

	координаты участка хромосомы	%Identity	число гэпов
1	573092 - 582686	7212/9822(73%)	461/9822(4%)
2	584329 - 587055	2100/2777(76%)	108/2777(3%)
3	593743 - 594099	289/359(81%)	4/359(1%)

Контиг также ложится с разывами, причём его значительная часть никак не выравнивается с хромосомой.

---