Задание 1.
Были построены структуры A-ДНК, B-ДНК (последовательность одной цепи: GATCGATCGATCGATCGATC) и Z-ДНК (последовательность одной цепи: 10*(GC)) c помощью программы fiber:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb
Задание 2.
С помощью программы JMOL я определила малую и большую бороздку А-ДНК(рис.1). Также был выбран цитозин(32:B),
у которого были определены атомы, обращённые в малую и большую бороздку(рис.2, 3, 4):
С4, С5, С6, N4- в большую бороздку(рис.4 выделены красным)
N1, C2, O2- в малую бороздку(рис.4 выделены синим)
|
|
|
|
Были изучены структуры A-, B- и Z-форм ДНК. Результаты приведены в таблице 1.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 7.98(от 5:А фосфата) | 17.21(от 28:B фосфата) | 11.58(от 26:B фосфата) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 16.81(от 26:B фосфата) | 11.69(от 9:A фосфата) | 7.2(от 17:A фосфата) |
Задание 3.
Упражнение 1.
Была взята структура 1H4S-тРНК (в PDB-формате), далее с помощью программы remediator был создан файл в старом формате PDB (с ним могут работать используемые далее программы find_pair и analyze). C помощью конвейера из этих программ был создан ряд файлов с описанием разных параметров структуры 1H4S-тРНК. В файле 1h4s_old.out содержится информация о величине торсионных углов(рис.5). В таблице 2 приедены средние значения торсионных углов для данной т-РНК, а также для А- и В-форм ДНК. Как можно видеть из таблицы 2 структура 1H4S-тРНК не похожа ни на одну из форм ДНК.
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
| 1H4S-тРНК | -35,4 | 54,4 | 51,2 | 86,97 | -148,20 | -54,3 | -130,4 |
| А-форма ДНК | 62 | 173 | 52 | 88/3 | 178 | -50 | -160 |
| B-форма ДНК | 63 | 171 | 54 | 123/131 | 155 | -90 | -117 |
Упражнение 2.
Из того же файла 1h4s_old.out можно определить, какие нуклеотиды образуют стебли. У моей 1H4S-тРНК их получилось 4(рис.6).
Программа обнаружила 6 не-Уотсон-Криковских взаимодействий:
5.G-U
10.T-G
11.PSU-G
18.G-A
23.A-U
24.G-C
Также имеется несколько дополнительных водородных связей, стабилизирующих структуру тРНК:
10.T-G
11.P-G
23.A-U
24.G-C
25.G-C
Упражнение 3.
В файле 1h4s_old.out я выбрала 5 динуклеотдидных пар с площадью перекрывания больше 10 Å^2
(учитывая, перекрывания между атомами, находящимися вне ароматического кольца):
5.GC/GU - 13.11
9.Gt/GC - 13.24
10.tP/GG - 13.24
12.AC/GU - 10.25
19.GC/GC - 11.91
(рис.6-10)
|
|
|
|
|
|
|
