GO Ontology

Задание 1. GO Enrichment Analysis

1. Имя файла - list37.txt
количество ID - 26;
2. В анализе обогащения участвовало 26 ID;
3. В выдаче оказалось 60 GO terms, потому что именно столько имели p-value < 0.05 после FDR коррекции;
4. Десять самых значимых GO terms: GO:0006661, GO:0008654, GO:0045017, GO:0046474, GO:0046488, GO:0006650, GO:0006644, GO:0046486, GO:0008610, GO:0090407;
5. Граф, где отмечены 5 самых значимых GO terms

граф1

6. Узлы полученного графа соединены связью 'is a'. Стоит заметить,что в этом графе представлены как минимум первые 10 значимых ID (белков).
7. Исходя из результатов GO Enrichment анализа и его визуализации(граф выше), можно утверждать, что исследуемый набор ID участвует в процессе биосинтеза фосфатидилинозитола. Биосинтез фосфатидилинозитола - это химические реакции и превращения, приводящие к образованию фосфатидилинозитола (любого гликофосфолипида, в котором остаток 3-фосфата sn-глицерина этерифицирован в 1-гидроксильную группу 1D-мио-инозита).

Задание 2. String

1. Получившийся граф

граф2

2. Наличие структур указано для 22 узлов;
3. Узлы графа связаны следующими типами взаимодействий : from curated databases, experimentally determined, textmining, co-expression, protein homology. Если нажимать more, то между исследуемым набором не появляется новых связей, зато появляются новые узлы, связи между которыми более разнообразны,чем в начальном наборе.
4. Полный набор генов представлен почти во всех группах Плацентарных за исключением нескольких приматов;

cooccurence

5. Рисунок ниже иллюстрирует связь между экспрессией изучаемых генов. Можно видеть, что у человека нет ни одной пары генов с высоким уровнем достоверности их функциональной связи, для других организмов ситуация не лучше.

coexpression