Мембранные белки

Для выполнения практикума был выбран четырёхсубъединичный интегральный мембранный белок (PDB ID - 1KF6) - хинолфумаратредуктаза E.coli, катализирующий заключительную стадию анаэробного дыхания в тех случаях, когда фумарат является конечным акцептором электронов.

В 2 из 4 субъединиц при помощи сервиса TMHMM предсказано наличие трансмембранных участков. Субъединица С по предсказаниям содержит 3 трансмембранных участка, 2 внутриклеточных участка и 1 внеклеточный, однако согласно записи банка PDBTM субъединица содержит 2 внеклеточных участка, вероятно второй участок не был предсказан с помощью сервиса TMHMM, потому что он очень маленький (всего 6 аминокислот).

Субъединица D по предсказаниям содержит 3 трансмембранных участка, 2 внутриклеточных и 1 внеклеточный. И опять согласно записи банка PDBTM субъединица содержит 2 внеклеточных участка, только второй в этот раз ещё меньше (2 аминокислоты).

---