Практикум 1

Белок 6c3o

Предложенный белок (PDB id -6c3o) является ATP-чувствительным калиевым каналом. Он способен связывать ATP и ADP в присутствии ионов Mg2+. ATP инактивирует канал, а ADP активирует. Целая структура канала называется 'четырёхлистником', структура рассмотренная ниже представляет собой только один лепесток со связанным ADP и ионом Mg2+.

Потенциальные взаимодействия белка с лигандом

Углероды остова белка покрашены серым, углероды в составе ADP - зелёные.
ADP-2001 - лиганд. Он удерживается в сайте связывания за счёт следующих взаимодействий:

1. стекинг (розовый цвет на рис.1) между фенольным кольцом Tyr-1353 и пуриновым кольцом ADP;
2. водородные связи (жёлтый цвет на рис.1) боковыми цепями и остовом следущих а.к.: ARG-1110, TYR-1353, SER-1386, LYS-1384;

Также между ADP и Mg2+ образуются координационные связи (мятный цвет на рис.1)

Ссылка на сессию pymol