Практикум 4

Prody и B-факторы часть 1

Для выполнения данного задания была взята структура 7d7u. Сначала с помощью Prody был найден остаток с максимальным средним В-фактором. Это оказался Lys 440 из цепи В со средним значением B- фактора =84.04 и разбросом в 24.97. На рис.1 показано расположение этого остатка в структуре. Он находится на конце белка и не входит в состав никакой вторичной структуры, а значит имеет высокую подвижность. Остатком с наименьшим средним B-фактором оказался Val 519 из цепи А со значением В-фактором=14.52 и разбросом 1.7. Этот остаток находится в составе вторичной структуры бета-листа и стабилизирован водородными связями между листами, а вокруг его боковой цепи располагаются неполярные группы (формируют некоторое подобие гидрофобного ядра).(рис.2)

Prody и B-факторы часть 2

В данном задании строился scatter-plot зависимости среднего В-фактора от расстояния до центра белка. Поскольку структура 7d7u состоит из 3 идентичных цепей, были построены три plot-а для кажой цепи.(рис. 3) Если не смотреть на полученные графики, то можно было бы предположить, что с увеличением расстояния от центра молекулы будет увеличиваться B-фактор. Из рис.3 понятно, что это не так. Для подкрепления ”зрительных” предположений для каждой цепи была посчитана корреляция Пирсона. Она составила 0.56 для цепи А, 0.43 для цепи В и 0.32 для цепи С, т.е. действительно здесь сложно говорить о каких-то линейных зависимостях. Мне кажется, что если и есть зависимость среднего В-фактора от расстояния до центра белка, то она незначительна, и скорее важнее окружение остатка (гидрофобика или наоборот стабилизация водородных связей) и факт ‘вхождения’ в какую-нибудь вторичную структуру. Понятно, что гидрофобные ядра не будут встречаться на краю молекулы, но вот, например, альфа-спирали удалённые от центра молекулы не редкость и остатки, входящие в неё, будут менее подвижны и имеют более низкий В-фактор, чем те, которые находятся в неструктурированных частях белка, вне зависимости от расстояний до центра.

Восстановление функции электронной плотности по экспериментальным данным

В отчёте приведены все результаты и комментарии к ним.
На рис.4 приведена таблица с характеристиками восстановления функции. Для расчёта разрешения набора гармоник использовалась гармоника с самым большим номером.