Занятие 10 (зачётное)

Был выдан неаннотированный фрагмент гемона Regiella insecticola AC192956 с длиной от 77001 до 84000 нуклеотидов.

Были найдены все открытые рамки считывания длиной более 240 нуклеотидов в этом фрагменте (программа getorf).
Параметры программы getorf: -minsize 240 -find 1 -table 11

Вего нашлось 17 открытых рамок.

Трансляции всех открытых рамок считывания были запущены на поиск в полном протеоме E.coli (программа blastp - поиск белковой последовательности в белковом банке).
Было подсчитано число находок с E-value < 0.001 (программа grep).

Результаты находок программы BlastP

Название
Начало рамки
Конец рамки
Направление
Количество последовательностей в E. Coli
Идентификатор находки
e-value
AC192956_2
327
1160
DIRECT
1
GNTX_ECOLI
2,00E-55
AC192956_4
1740
2663
DIRECT
4
INF7_ECOLI
1,00E-11
AC192956_17
340
2
REVERSE
2
BIOH_ECOLI
5,00E-41

 

Гипотетические гены во фрагменте 70001-77000 записи AC200763.

Графическое описание взаимного расположения предполагаемых генов в заданном фрагменте. На представленной ниже схеме в квадратные скобки заключено направление цепи ДНК (=> значит прямое направление, <= обратное), краткое название самого сходного белка E. coli и координаты границ открытой рамки в изучаемом фрагменте:

3'---[<= BIOH_ECOLI, 2 - 340 ]-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

5'--------------------------------------------[=> GNTX_ECOLI, 327 - 1160]---------[=> INF7_ECOLI, 1740 - 2663]---------------3'

 

Взаимное расположение предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме кишечной палочки

Геном кишечной палочки был получен командой : entret embl:u00096 по которому была построена схема:

3'---------------------------[<= BIOH, 3542096..3542866]------------------------------------------------------------------------------------5'

5'-----------------------------------------------------------------------[=> GNTX, 3542904..3543587]---------------------------------------3'

Как видно из графического описания гены BIOH и GNTX распологаются очень близко друг к другу с разницей в 39 нуклеотид и их направление так же совпадает. Возможно они оба входят в какой то компекс или транскрипция одного может как то влияет на транскрипцию другого. INF7 не был найден в геноме.