Доменная структура белка MLTA_Ecoli по данным Pfam
Cхема из Pfam:
|
Пояснения к схеме
|
| № |
Pfam AC |
Pfam ID |
Полное название семейства
домена
|
Положение в последовательности
белка MLTA_Ecoli |
Клан |
| 1. |
PF03562 |
MltA |
Цилиндрический бета домен, включенный
в трансгликозилазный фермент, разрывающий пептидогликанную
связь. |
125-257 |
Не принадлежит никакому клану |
| 2. |
PF06725 |
3D |
Предположительный домен состоит из 3х
консервативных остатков аспартата. |
279-357 |
Не принадлежит никакому клану |
Выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена: PF03562_seed
Сравнение описания доменной структуры в Pfam с описанием
в других БД
По идентефикатору UniProt заданного белка в InterPro было
найдено 3 подписи (signatures), но одна из них не была интегрирована.
Однако, среди них подписи, отличающейся от подписей PFAM,
не оказалось.
Подписи InterPro:
Сопоставление доменной структуры с 3D структурой заданного
белка:
Выбранная запись PDB 2pjj. Литическая гликоцилаза MltA-D308A
в apo-1 форме.
Зеленым цветом показан домен MltA, красным 3D. Как видно
из рисунка и судя по моим наблюдениям в Jmol, домены соответствуют
вполне отдельным компактным частям структуры. Домены Pfam
попадают на отдельные структурные участки, причем, с отличным
совпадением; наблюдаются только небольшие разногласия на
краях структурных доменов.
Исследование эволюции
отдельных доменов
1. Как часто и в
каких организмах встречаются домены заданного белка
Белки с повтором LPP (PF04728) встречаются
в организмах 313 видов
Представленность домена PF03562 в организмах разных
видов
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF03562
|
| Эукариоты |
Зеленые растения |
1 |
| Грибы |
- |
| Животные |
- |
| Остальные эукариоты |
- |
| Бактерии |
549 |
| Археи |
- |
Представленность изучаемых доменов в белках Escherichia
coli (strain K12)
| № |
PFAM ID |
Количество белков в Escherichia coli
(strain K12) |
| 1. |
MLTA |
1 |
В Escherichia coli (strain K12) обнаружен только один белок
с такой доменной организацией.
Доменные перестройки
Рассмотрим перестройки домена MLTA (PF03562):
MLTA_Ecoli
A9U784_PHYPA
Домен PF03562 (MLTA) встречается в сочетании с разными
доменами,
MLTA_Ecoli
A1UW92_BURMS 
Домен PF03562 (MLTA) может быть разной длины и бывает как
на N-, так и на С-конце последовательности. Дупликации и
разрывы последовательности данного домена не встречаются.
MLTA_Ecoli
C5CK85_VARPD
Расстояние между доменами PF03562 (MLTA) и PF06725 (3D)
может быть разным. Домен PF03562 (MLTA) может также иметь
"обрезанные" края как справа или слева, так и
с обеих сторон.
Рассмотрим перестройки домена PF06725 (3D):
MLTA_Ecoli
A4YJU4_BRASO
Домен PF06725 (3D) может находиться в С-конце белка или
быть ближе к его середине. Данный домен всегда следует после
последовательности домена PF03562 (MLTA)
