Алгоритмы реконструкции деревьев.

1. Укоренение в среднюю точку

Дерево, построенное при выполнении предыдущего занятия методом neighbor-joining, было укоренено в среднюю точку при помощи программы retree пакета PHYLIP:

Укоренение произошло в ветвь {RHOS4, BRAJA} против {PASMU, HAEIN, PROMPH, ECOLI, NEIMA, BURCA}. Укоренение совпадает с укоренением дерева, построенного алгоритмом UPGMA. Отличия от правильного дерева такие же ,как и у дерева, построенного алгоритмом Neighbor-Joining: {PASMU, PROMPH, ECOLI} против {HAEIN, NEIMA, BURCA, RHOS4, BRAJA}

2. Использование аутгруппы

После добавления последовательности аутгруппы - Bacillus subtilis (BACSU), к остальным последовательностям из предыдущего задания было произведено их выравнивание программой muscle: выравнивания.

После чего было построено дерево программой fprotpars (файл с построенным деревом и скобочной формoй).

Полученное дерево было обработано программой retree с указанием аутгруппы:

Как видно из полученных результатов место укоренения дерева с использованием аутгруппы отличается от дерева без аутгруппы.

3. Бутстрэп

Для проведения бустрэп анализа филогении было создано 100 бустрэп-реплик выравнивания белков протеобактерий программой fseqboot. На вход программе был подан файл с выравненными последовательностями белков. После чего на выходе был получен файл со 100 бутстрэп-репликами.

По выравниванию с бустрэп репликами было построено дерево программой fprotpars: дерево и скобочная форма.

Из полученных деревьев по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree) программой fconsense было построенно единое дерево. Выдача программы: boost_tree.fconsense и boost_tree_cons.treefile.

                       +--------------------HAEI8
                +100.0-|
                |      |      +-------------PASMU
                |      +-63.5-|
                |             |      +------ECO24
         +100.0-|             +100.0-|
         |      |                    +------PROMH
         |      |
  +------|      |                    +------BRAJA
  |      |      +---------------98.5-|
  |      |                           +------RHOS1
  |      |
  |      +----------------------------------BURCA
  |
  +-----------------------------------------NEIM0

Полученное дерево не совпадает ни с приведенным филогенетическим деревом ни с деревом построенным программой fprotpars из первого занятия. Сто процентную поддержку получили как одинаковые ветви с приведенным филогенетическим деревом так и не совпадающие с ним. Среди ветвей не получившие большинства есть верная ветвь

{PASMU, HAEI8} против {PROMPH, ECOLI, NEIMA, BURCA, RHOS4, BRAJA}

Поддержка этой ветви равна 36.5%.