Занятие 1: Введение в PyMOL
1. В файле с записью 1KMY банка PDB был
обнаружен ион железа
HETNAM FE2 FE (II) ION
2.1 В записи 1GT0 был изучен участок цепи C с 75 по
100 остаток
В данной записи отсутствует с 78 по 96 остаток. Однако
в файле pdb в поле REMARK про них ничего не сказано:
REMARK 465
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
2.2 В записи 1DLP были изучены остатки 136 цепи A и
167 цепи С:
Как видно из рисунка в данных остатках присутствуют лишние
связи. У аспарагина(136) С-N, CB-ND2, Cb-OD1. У аргинина(167)
С-N. В поле ремарк содержится следующая информация:
REMARK 480 ZERO OCCUPANCY ATOM
REMARK 480 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MODELED WITH ZERO
REMARK 480 OCCUPANCY. THE LOCATION AND PROPERTIES OF THESE ATOMS
REMARK 480 MAY NOT BE RELIABLE. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME;
REMARK 480 C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):
REMARK 480 M RES C SSEQI ATOMS
REMARK 480 ASN A 136 CG OD1 ND2
REMARK 480 ARG C 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2
REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT
REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI DISTANCE
REMARK 500 N ASP A 97 ND2 ASN A 136 2.16
REMARK 500 O ARG C 167 N ASP C 169 2.17
2.3 Запись 7GPB содержит четыре идентичные полипептидные
цепи. Изучите остатки с номерами 67 из этих четырёх цепей
Ароматические кольца остатков триптофана не лежат в одной
плоскости.
3. Скрипт для PyMol
для задания 2.3 (в записи 1DLP изучите остатки 136 цепи
A и 167 цепи С)
load 1DLP.pdb
hide all
select res, a/136/ or c/167/
show sticks, res
show sphere, res
set sphere_scale, 0.25
label n. CB and res, "(%s, %s)" % (resn, resi)
set label_color, white
set label_size, -0.8
orient res
ray
|
