1. В записи 1MNM представлены следующие биополимеры
- две молекулы ДНК (STE6 оператор) цепи E и F
- молекулы белка (MCM1 регуляторы транскрипции) цепи А и В
- молекулы белка (MATα2 репрессор транскрипции) цепи С и D
2. Изучение водородных связей цепи D в пределах асимметрической единицы
Цепь D выделена зеленым цветом, цепь A желтым, а проволочная модель ДНК белым цветом.
В проволочной (lines) модели – все (аминокислотные и нуклеотидные) остатки, связанные водородными связями с цепью D, и все остатки цепи D, связанные с другими цепями
углероды цепи d окращены оранжевым цветом,
углероды цепи a - желтым
углероды цепи f - голубым, углероды цепи e - синим
полярные атомы изборажены шариками
Водородные связи присутствуют между цепью D - белка и цепью F - ДНК. Что характерно для данного участка цепи белка, тк это гомеодомен который связывается аспарагином своей третей альфа-спирали с аденином цепи ДНК. Помимо этого имеются контакты оснований ДНК с N-концевой рукой гомеодомена и контакты гомеодомена с сахаро-фосфатным остовом ДНК.
Так же присутствуют комплементарные взаимодействия между цепями ДНК - водородные связи между E и F цепями.
Были обнаружены водородные связи между цепями А и D, а так же цепями A и F.
3. Cвязи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы
а) связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла
б) Цепь D с белками из других образов ассиметрической единицы
Взаимодействие двух бета-листов из разных ассиметрических единиц. Цепь А из соседнего образа ассиметрической единицы. На рисунке ниже данная часть расположена ближе к правому нижнему углу.
Расположение D цепи относительно стоящих близко цепей из других ассиметрических единиц
