1. Выдача программы PROCHECK через базу данных PDBSum записи 2АЕ0
карта Рамачандрана
процент остатков (отличных от Gly и Pro), попавших в предпочитаемые области на карте - 91.4%, что говорит о качественной структуре белка.
2. Пространственный R-фактор
Significant regions в записи 2AE0
В данной записи всего 5 остатков со значением Z-score > 2, что составляет всего 1% от общего количества остатков. Это говорит о хорошем качестве модели.
Возмем один из этих 5 остатков 3 SER RSR = 0.449, Z-score = 6.33 и посмотрим на его модель и электронную плотность вокруг него.
Желтым цветом выделена поверхность уровня 1, белым - 0,5
Видно, что модель этого остатка плохо вписывается в электронную плотность уровня 1, а по электронной плотности уровня 0.5 невозможно однозначно вписать этот остаток т.к, на мой взгляд, она описывает слишком большое пространство. А значит теоретические и эксперементальные данные для этого остатка не совпадают. О чем нам и говорили данные по RSR и Z-score. Этот остаток является первым в данной структуре, однако он не образует связей с другими остатками из соседних симметрических образов асимметрической единицы.
3. Информация "PDB_REDO" по структуре 2АЕ0
R-values etc.
|
|
From PDB header |
Calculated from data |
After conservative optimisation |
After full optimisation |
| R |
0.2030 |
0.2023 |
0.1943 |
0.1975 |
| R-free |
0.2370 |
0.2332 |
0.2309 |
0.2271 |
| σR-free |
|
0.0034 |
0.0033 |
0.0033 |
R-free
Z-score |
|
0.24 |
-1.88 |
0.39 |
|
|
Показатели R, R-free, σR-free улучшились. Так же уменьшилась разность между R и R-free после оптимизации. R-free
Z-score увеличился.
|
|
Original PDB entry |
Conservatively optimised |
Fully optimised |
| 1st generation packing quality1 |
-0.995 |
-0.867 |
-0.857 |
| 2nd generation packing quality1 |
-1.071 |
-0.940 |
-0.903 |
| Ramachandran plot appearance1 |
-0.087 |
-0.236 |
0.003 |
| Chi-1/Chi-2 rotamer normality1 |
-1.310 |
0.050 |
1.230 |
| Backbone conformation1 |
-0.245 |
-0.363 |
-0.316 |
| Bond length RMS Z-score2 |
0.215 |
0.690 |
0.378 |
| Bond angle RMS Z-score2 |
0.605 |
0.748 |
0.587 |
| Total number of bumps3 |
18 |
20 |
19 |
| Unsatisfied H-bond donors/acceptors3 |
17 |
16 |
16 |
|
Ухудшились следующие показатели конформация остова, общее количество шишек (стало на 1 больше).
Оптимизация улучшила качество данной модели белка.
